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从我国目前的鉴定体制和司法审判实践来看，医疗纠纷的鉴定主要有两种方式：一是通过司法鉴定部门进行过错及因果关系鉴定，俗称“司法鉴定”，一是通过医学会进行医疗事故等级及过错鉴定，俗称“事故鉴定”。二者的区别主要有：
一、鉴定主体不同：
医疗事故由医学会组织鉴定，司法鉴定则由司法鉴定机构进行鉴定。 二、鉴定内容不同：
医疗事故技术鉴定结论应当包括下列主要内容：（1）双方当事人的基本情况及要求；（2）当事人提交的材料和医学会的调查材料；（3）对鉴定过程的说明；（4）医疗行为是否违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规；（5）医疗过失行为与人身损害后果之间是否存在因果关系；（6）医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；（7）医疗事故等级；（8）对医疗事故患者的医疗护理医学建议。其中第（6）项责任程度分成四个级别：完全责任、主要责任、次要责任和轻微责任。
司法鉴定结论内容包括受理日期、委托人、委托事由、鉴定要求、送鉴材料情况、检验或者检查过程、鉴定（检验）结论或者审查（咨询）意见、鉴定（检验、审查、咨询）人以及其它应当包括的内容。其中重点是对医疗过错与损害结果之间的因果关系、责任比例或损失参与度。
三、鉴定程序不同：
医疗事故一般分为两级，首次医疗事故技术鉴定由设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织。当事人对首次鉴定结论不服的，可在收到首次鉴定结论之日起１５日内向省、自治区、直辖市地方医学会申请组织再次鉴定工作。必要时，可申请中华医学会重新鉴定，但是否允许，由人民法院决定。而司法鉴定仅有一级鉴定，其结论具有最终性。
四、法庭质证不同
《最高人民法院关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知》中没有明确医疗事故专家必须要到庭接受质证，因此医疗事故技术鉴定结论作为证据在法庭时质证时，双方当事人可以自由表达赞成或反对意见，但不能申请人民法院传唤鉴定专家到庭接受质询。
《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》中明确要求鉴定人应当履行出庭质证义务，因此质证司法鉴定结论时，不服结论一方可以申请人民法院传唤司法鉴定人到庭接受质询，司法鉴定人应当按照司法机关或者仲裁机构的要求按时出庭。司法鉴定人出庭时，应当出示《司法鉴定人执业证书》，并应依法客观、公正、实事求是地回答司法鉴定相关问题。
五、鉴定级别不同
医疗事故技术鉴定分为首次鉴定和再次鉴定。任何一方当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次医疗事故技术鉴定书之日起15日内，向原受理医疗事故争议处理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省、自治区、直辖市医学会组织再次鉴定必要时，对疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议，省级卫生行政部门可以商请中华医学会组织医疗事故技术鉴定。
医疗损害司法鉴定分为初次鉴定、补充鉴定、重新鉴定、复核鉴定。任何一方当事人对初次鉴定结论不服的，可以申请补充鉴定、重新鉴定或复核鉴定，但要符合一定条件，比如要求补充鉴定的必须是：（1）发现新的相关鉴定材料；（2）原鉴定项目有遗漏。而要重新鉴定，则要满足以下条件：（1）司法鉴定机构、司法鉴定人超越司法鉴定业务范围或者执业类别进行鉴定的；（2）送鉴的材料虚假或者失实的；（3）原鉴定使用的标准、方法或者仪器设备不当，导致原鉴定结论不科学、不准确的；（4）原鉴定结论与其他证据有矛盾的；（5）原司法鉴定人应当回避而没有回避的；（6）原司法鉴定人因过错出具错误鉴定结论的。
从上面的对比看，如果作为患者的代理律师，那么申请进行司法鉴定是比较有利的。
1、医疗事故鉴定的主体容易受到医院方面的影响，可能会产生一定偏差；
2、从法律层次上分析，医疗事故鉴定的鉴定人是不需要出庭接受质证的，但是司法鉴定的鉴定人是必须要出庭接受质证的，这样也使司法审判程序更加完善。
我个人认为，医院方面可能是有一定的过错，但是这个过错可能达不到医疗事故的层次，那么如果在这种情况下做医疗事故鉴定，很有可能证明医院一方是没有过错的。按照《医疗事故处理条例》第二条的规定：“医疗事故，是指医疗机构及其医护人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。”同时规定造成患者死亡或残疾的，分别构成一级（一级甲等，一级乙等、）；二级事故（二级甲等，二级乙等，二级丙等，二级丁等，）；三级事故（三级甲等，三级乙等，三级丙等，三级顶等，三级戊等）；四级事故。 医疗事故，如果造成患者明显人身损害的其他后果的则构成四级医疗事故。但是实践中，有些过错很难达到事故的定性标准，但却给患者造成了损害，怎么办？实践中就出现了医疗过错司法鉴定。进行医疗过错（此处指广义的过错）司法鉴定。这样的话，只要鉴定结果中证明，医院存在过错，并且过错和结果之间有一定的因果联系，那么医院就要承担一定的赔偿责任，这样对患者也是比较有利的。
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