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荧光原位杂交（FISH）是一种通过荧光素标记的DNA探针与样本细胞核内的DNA靶序列杂交，从而获得细胞核内染色体或基因状态的信息的技术；如今这个平台已经广泛应用于肿瘤的诊疗工作中，尤其是软组织肿瘤这一类分子改变复杂的肿瘤，下面我们对软组织肿瘤分子检测进行整理，以便大家能够更好的利用原位杂交平台为软组织肿瘤诊断提供帮助。 注：若图片不清晰可以点击图片查看原图 软组织肉瘤是指发生在间叶组织如纤维组织、脂肪组织、肌肉组织、滑膜组织、血管及淋巴管等的恶性肿瘤，较常见的依次是恶性纤维组织细胞瘤、滑膜肉瘤、脂肪肉瘤等。 软组织肿瘤特点及不同分类的主要基因改变
因为软组织肿瘤是一类“罕见，但非常复杂”的肿瘤，所以在软组织肿瘤的诊断中，我们病理医生会用到各种检测方法来获得不同层面的诊断线索：临床病史为我们提供初步的方向，组织活检为我们展示病变的组织或细胞，HE染色为我们呈现病变细胞的特点，免疫组化为我们揭示蛋白的异常表达，而分子检测则为我们解释了肿瘤发生的机制。 从形态到蛋白再到分子 （图片来源苏州病理年会王坚教授Diagnosis of STT） 近年来，随着免疫组化的广泛应用，软组织的蛋白检测也在肿瘤的诊断与鉴别诊断中也起到越来越重要的作用，它可以为下一步的分子检测提供参考，尤其是脂肪肉瘤，更需要分子检测的结果来进一步证实。 软组织肿瘤IHC抗体使用一览表 综上所述，软组织肿瘤虽然罕见、复杂，但是关于它的研究进展却很快，尤其是近些年来分子技术的发展应用，在软组织的诊疗中扮演越来越重要的作用。 在软组织肿瘤中每年不断发现的新的融合基因 （图片来源苏州病理年会王哲教授FISH新探针在软组织肿瘤诊断中的应用） 目前，我们所知道的一些软组织肿瘤的分子改变如下： 在这些分子改变里，有一些是良性肿瘤所常见，而另外一些则是在某些恶性肿瘤中特异性改变的；虽然如此，我们也只是更接近肿瘤的机制，因为即使是同一类型的肿瘤也会有复杂的融合方式或重排形式。 良性软组织肿瘤的细胞和分子遗传学异常 软组织肉瘤具有诊断价值的细胞和分子遗传学异常 1. EWSR1断裂探针 用于：硬化性上皮样纤维肉瘤（80%-90%）、骨外尤文肉瘤、促结缔组织增生性小圆细胞肿瘤、血管瘤样纤维组织细胞瘤、透明细胞肉瘤、骨外黏液软骨肉瘤。 5-15%EWS/PNET肿瘤表现为EWS与ETS家族的ERG基因融合，80%以上EWS/PNET肿瘤存在11号和22号易位t(11;22)(q24;q12)，形成EWS-FLI-1融合基因；常需要和其他小圆细胞肿瘤相鉴别，如神经母细胞瘤、淋巴瘤等。CD99是一个非常敏感的标志，但特异性不高。
尤文肉瘤 EWSR1的另一个应用是鉴别：透明细胞肉瘤和恶性黑色素瘤。透明细胞肉瘤可出现EWSR1的异位，但伙伴基因是ATF1，最终形成EWS-ATF1融合蛋白。
透明细胞肉瘤 2. MDM2扩增探针 用于：非典型性脂肪瘤性肿瘤/高分化脂肪肉瘤、去分化脂肪肉瘤、纤维肉瘤辅助诊断。 非典型脂肪瘤性肿瘤/ 高分化脂肪肉瘤（ ALT/WDL）是脂肪肿瘤中最常见的病理类型。组织学上具有：不规则纤维分隔，较成熟脂肪细胞，细胞核染色质浓染，脂肪母细胞少见或没有，可见间质核异质细胞遗传学上具有：多数ALT/WDL有额外环状染色体和（或）巨大标记染色体，伴有12q13-15区域的扩增，主要涉及MDM2、CDK4、HMGA2、SAS、CPM 等基因。 检测MDM2基因扩增是诊断ALT/WDL的金标准
脂肪瘤与ALT/WDL （图片来源苏州病理年会张红英教授软组织与骨专科培训） 3. CHOP断裂探针 用于：黏液性脂肪肉瘤/圆形脂肪肉瘤。 CHOP与MDM2在基因组中仅相距12M，如果检测CHOP断裂为阴性但呈单色/双色扩增时应 怀疑MDM2扩增，需用MDM2探针确认。
CHOP断裂为阴性但呈单色/双色扩增 4. SS18断裂探针 用于：滑膜肉瘤。 滑膜肉瘤常常发生t(X;18)(p11.2;q11.2),导致18号染色上的SS18（SY1）X染色体上的SSX家族基因（SSX1，SSX2以及SSX4）融合重排，这种重排可以使用SS18断裂探针检测，研究显示具有较好的特异性。
5. FOXO1（FKHR）断裂探针 用于：腺泡状横纹肌肉瘤 (ARMS)、低级别鼻腔鼻窦双表型肉瘤。 FOXO1(FKHR)定位于13号染色体，t(2;13)(q35.2;q14)形成PAX3-FOXO1融合基因，t(1;13)(p36;q14) 形成 PAX7-FOXO1融合基因。约80% 腺泡状横纹肌肉瘤FOXO1分离探针FISH检测阳性（腺泡状横纹肌肉瘤），而在胚胎性横纹肌肉瘤阴性 (ERMS)，腺泡状横纹肌肉瘤的预后差于胚胎性横纹肌肉瘤。
腺泡状横纹肌肉瘤
鼻腔/鼻窦双表型肉瘤 （图片来源苏州病理年会王哲教授FISH新探针在软组织肿瘤诊断中的应用） 6. CIC断裂探针 主要用于: CIC基因异常的小圆细胞肉瘤。 CIC基因重排小圆细胞肉瘤的特点是：发病男女比例接近， 10-40岁最多见(75%)，软组织发生最多见(90%)，部位：四肢/盆腔>躯干>头颈部，形态主要为尤文样(90%)，尤文样伴有梭形细胞(10%)，30%出现粘液样间质，预后差，60%死亡。CIC基因融合对象：DUX4 t(4;19) 53%，DUX4L t(10;19) 13%，FOX01 t(13;19)，FOXO4 t(X;19)，未知对应基因 30%；常伴MYC基因扩增。
双打击肉瘤？ （图片来源苏州病理年会王哲教授FISH新探针在软组织肿瘤诊断中的应用） 软组织小圆细胞肿瘤诊断策略
（诊疗策略参考苏州病理年会王哲教授FISH新探针在软组织肿瘤诊断中的应用） 7. NTRK1分离探针 主要用于:脂肪纤维瘤样神经肿瘤（Lipofibromatosis-likeNeural Tumors）。 Lipofibromatosis-likeNeural Tumors的特点：主要为儿童和年轻人（4-38yr, 平均13.5y），F:M=8:6，主要位于皮下组织，上肢>下肢>头颈部，由脂肪组织和梭形细胞组成，梭形细胞排列成束状，浸润性边界，可浸润周围横纹肌，胞浆红染，轻度核异型和深染，偶见多形性细胞，核分裂<2>免疫组化及FISH检测： S-100多灶性阳性、SMA局灶阳性，CD34阳性，NTRK1阳性，黑色素肿瘤标志（Sox10, HMB45, Melan-A）阴性，Stat-6阴性，FISH显示NTRK1断裂，融合基因包括：TPR,TPM3, LMNA，另可见ROS1和ALK基因断裂。
ALK及NTRK1双阳性的Lipofibromatosis-likeNeural Tumors （图片来源苏州病理年会王哲教授FISH新探针在软组织肿瘤诊断中的应用） 8. COL1A1/PDGFB融合探针 主要用于:隆突性皮肤纤维肉瘤（DFSP）/巨细胞纤维母细胞瘤。 DFSP是发生在真皮及皮下组织的软组织肿瘤，具有低度恶性生物学行为，由梭形细胞排列成编席状及漩涡状，免疫组化染色；CD34（+），高度恶性纤维肉瘤转化后CD34表达消失；细胞遗传学：t(17;22)(q22;q13.1)，形成额外的环状染色体，这种易位导致17号染色体上的COL1A1基因与22号染色体上的PDGFB基因融合重排。
隆突性皮肤纤维肉瘤 软组织肿瘤是较为少见的肿瘤，形态多样，不同组织起源肿瘤形态交叉，诊断较为疑难，诊断要结合病人年龄、肿瘤部位、组织形态、免疫组化标记等；FISH检测可以提供诊断帮助，而在有些软组织肿瘤如非典型脂肪瘤性肿瘤/ 高分化脂肪肉瘤（ ALT/WDL）甚至是金标准，一些是用FISH检测的靶点来命名的诊断如CIC融合相关肉瘤、BCOR-CCNB3肉瘤；相信随着FISH技术的普及，软组织肿瘤的诊断会得到不断的提升。 成纤维细胞/肌成纤维细胞性肿瘤和瘤样病变FISH探针：
纤维组织细胞肿瘤及瘤样病变FISH探针：
未确定分化的肿瘤和瘤样病变，未分化/未分类肉瘤 FISH探针：
其他软组织肿瘤FISH探针：
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