助力课题申报：cell report期刊教你TCGA挖掘snoRNA

今天，小编又看到了国际顶尖期刊发表了TCGA挖掘snoRNA的研究机制，还是一样的感觉 ，全方位，多组学的配合。其次，关于snoRNA在癌症中的作用的知识正在兴起，但是snoRNA在癌症中的表达情况和临床相关性尚未被系统地研究。利用来自癌症基因组图谱（TCGA）的多个“组学”数据将可能是新兴起的热点，可以写些相关的课题进行申报。

知识：小核仁RNA（snoRNA）是长度为60-300nt的非编码RNA，它们主要分为C / d盒snoRNAs和H / ACA盒snoRNAs，，并与一组核心蛋白命名为核糖核蛋白（RNP）的相关联的以形成稳定的和功能性snoRNP颗粒，在哺乳动物中，大多数snoRNA编码在蛋白质编码或非编码基因的内含子中，其被称为“宿主基因”。宿主基因可能通过共转录影响snoRNA表达。拷贝数变异（CNV）是基因表达的关键调节因子，并且已经被广泛研究用于蛋白质编码基因和非编码基因。DNA甲基化是调节基因表达的常见表观遗传学机制。这些发现提示snoRNA的表达可能受宿主基因，CNV和DNA甲基化的调控。新出现的证据揭示了snoRNA在肿瘤发生中的重要性。

文章思路：

1：snoRNA提取

整合了加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）基因组浏览器（hg19）和GENCODE（版本24）的最新注释，并获得了1,524个独特的snoRNA基因。 

2：通过宿主基因，CNV和DNA甲基化调节snoRNA表达

3：经使用来自多个平台的各种组学数据来分类肿瘤亚型

4：snoRNA亚型也与5种癌症类型（包括ACC，BRCA，KIRC，胃腺癌（STAD）和THCA）的肿瘤阶段高度一致，，snoRNA亚型在分类四种癌症类型的临床结果方面显示出预后价值。

5：鉴定临床相关的snoRNA为了全面鉴定临床相关的snoRNA，我们进行了一系列分析，以鉴定snoRNA在成对肿瘤和正常样品，肿瘤亚型之间，肿瘤阶段之间显示差异表达。

6：临床相关的snoRNA功能的影响 为了确定临床相关snoRNA在人类癌症中的功能作用，我们基于以下标准将snoRNA优先化：（1）长度超过100bp的序列; （2）snoRNA序列中没有重复元件; 和（3）相对较高的表达水平。我们选择了前10个snoRNA。作者进行了pulldown方法。