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APT干货分享||手把手教你探索KEGG Pathway

 医学院的石头 2017-12-08

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是系统分析基因功能的综合性数据库。其核心之一的KEGG Pathway是根据相关知识手绘的代谢通路图,划分为6类:分别为Metabolism, Genetic information Processing, Cellular Processes,Environmental information Processing, Organismal Systems, Human Diseases。其中每类又分为二、三、四级子条目。

KEGG Pathway的简单探索拢共分4步!

第一步,首先你需要打开KEGG的主页链接→_→http://www./kegg/

第二步,直奔主题,点击KEGG Pathway。在这个界面,就会看到六大一级分类条目啦!在一级分类下,还有更具体的二级分类条目。

第三步,在一级条目Metabolism下点击二级条目“Energy”,其三级子Pathway列表就会粗线在界面最上端。

第四步,选一个三级子Pathway点进去,依照其研究的完善程度,呈现的具体代谢通路图有可能是这样婶儿的↓

也有可能是这样婶儿的↓

这些KEGG Pathway中包含了大量蛋白、化合物的信息,以及它们之间的相互作用关系。我们需要读懂各种代码和符号的含义。

最后害有一丢丢:

如果我不知道任何MAP号,KO号,想查找一个目标蛋白(或代谢物)所在的通路怎么办(手动摊手)?

(终于找到地方插表情包了)

细心的你一定发现了,在Pathway的界面还有一个搜索框。可键入关键词进行搜索。举个栗子键入“SYT(突触结合蛋白)”,GO。该蛋白参与的代谢途径信息列表就会呈现啦!


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