成吉思汗本人信奉原始的萨满教。在金世宗大定二十九（乞颜部帖木真汗元年，1189）年任蒙古乞颜部落首领、大蒙古帝国太祖成吉思汗元（金章宗泰和六年，1206）年被尊称为成吉思汗时，都是通过萨满之口，奉天意以行事。例如，乞颜部帖木真汗元（金世宗大定二十九年，1189）年，萨满巫师豁尔赤称：“天地商量着国土主人教帖木真做”；大蒙古帝国太祖成吉思汗元（金章宗泰和六年，1206）年，通天巫（帖卜腾格里）萨满巫师阔阔出亦言：“神命你为成吉思汗，作普世之君主。”在当时的蒙古高原的部落社会之中，除原始萨满教之外，
还有景教（即天主教的聂斯托利派）、基督教、佛教、道教、伊斯兰教等宗教信仰，成吉思汗对宗教信仰采取宽松、自由的政策。多桑称：“成吉思汗遗命其后裔切勿偏重任何一种宗教，应对信仰各教之人平等待之。”
成吉思汗对于各种宗教皆尽表示敬仰。据史书记载“太祖···征召邱处机询道术”、“召回教之星者前来，命卜”、“（太祖对喇嘛教）愿遥申皈依之诚”、“成吉思汗宣召基督教之星者前来，命卜战事之胜败”······他亲自下旨规定，一切宗教都应受到尊重，最高统治者不得偏颇，对于各种宗教的教士都应恭敬对待，并把这道旨意作为法令的一部分，申明颁布全天下。他在东西方的各个汗国的历代后裔都忠实、虔诚的遵守了这项原则和遗命，旭烈兀西征波斯（主要指攻灭木剌夷国、阿巴斯王朝、以及叙利亚之战）时，坚决奉行了成吉思汗的宗教自由、保护宗教的正确政策。此次的旭烈兀西征，蒙古大军所征服之地大都是政教合一的伊斯兰教国家，旭烈兀大军军纪严明，不许无故虐待、杀伤伊斯兰教、基督教教徒；每征服一地，皆以该地的司教、绅士为该地长官管理该地的政务，在被占领地区没有出现过宗教冲突、纠葛，保障了大蒙古帝国对波斯地区（即伊朗王国）诸列国的长期统治。
成吉思汗在进行征服战争的同时，并没有把自己和本民族所信仰的萨满教强加于被征服地区以及民族，反而最大限度的广泛允许被征服地区的各种原本存在的宗教继续合法存在，即使在他对曾经占据哈拉契丹（即西辽帝国）的屈出律穷追猛打、强攻花剌子模、六次征伐西夏、征讨位于中亚的信仰伊斯兰教的民族及位于东欧的信仰基督教的民族时，虽然也像人类历史上的其他征服者一样曾经大批屠杀那些公然敢于抵抗的人们，但却并没有消灭他们的宗教，而是始终如一的贯彻了他的“宗教信仰自由”政策，就这一点，
成吉思汗就迥然不同于那些其他的、在历史上对被征服地区实施“屠杀其人民、消灭其宗教、残暴摧毁其文明”的野蛮暴君。
成吉思汗对宗教所奉行的一贯政策：一是，允许各种宗教合法并存；二是，对宗教信教士给予优待，规定各种宗教，甚至各种宗教的各个教派的信教士以及其他学者，悉皆豁免赋税。
成吉思汗一贯支持、鼓励宗教界和其他各类学者作传播教义及知识的工作，这种支持、鼓励对中亚、欧洲、中国、印度等国和地区的各种文化知识潮流的形成起到了积极的推动作用。在此潮流之中，各个地区、国家、民族、以及各种信仰不同的人们不但交换着有关宗教的不同看法、见解；而且，同时也提高了手工业、地理、数学、哲学、语言学、天文学等学科知识。可以这么说：成吉思汗是进行科学技术知识交流的创始者和推动人。
