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今天上午与朋友聊他的课题的时候就涉及到一个问题：基因突变怎么与microRNA研究联系起来？实际上，我们在前面介绍SNP的时候说过这个问题：参加文章（文章篇）S5E21: SNP，miRNA和lncRNA的课题设计？（文末两个福利），（策略篇）S4E20：一篇22分的NG教你如何设计课题。在文末福利中，我们总结了microRNA与SNP结合的两种模式：microRNA本身的SNP和靶基因的SNP，实际上基因突变同样试用于这两种模式，只不过这两种模式是申请基金发表文章最好用的套路而已。对肿瘤突变与microRNA来说，现在已经有了一个现成的数据库：SomamiR DB 2.0（Somatic mutations altering microRNA-ceRNA interactions），今天我们就从这个数据库说起，看看这个数据库给我们的思路。 数据库打开链接：http://compbio./SomamiR/home.php 数据库总体来说包括三部分信息：
下面我们看怎么从这个数据库中找个课题出来。 首先我们从研究的基因TERT（端粒酶逆转录酶）出发，TERT是个老基因了，与肿瘤的关系也是大家公认的，从文章上就可以看出来：
打开Search搜索框：
TERT基因的转录本hsa_circ_0071705与肿瘤的关系是怎样的？ 然后，我们点击hsa_circ_0071705 打开继续：
这样，课题的几个关键点就有了： 胰腺癌，TERT，hsa_circ_0071705，microRNAs（hsa-miR-340-3p，hsa-miR-6827-3p和hsa-miR-6895-3p）和chr5:g.1281917C>突变。 而miR-340与胰腺癌的关系还没有文章：
然后，如果第一个和第二个课题都做完了，结果发现microRNA 340与hsa_circ_0071705都与胰腺癌增殖或者转移有关，而且两者的表达成负相关。后面的就有意思了，第三个课题就是： hsa_circ_0071705与microRNA 340发挥功能是否有关，两者是否存在调控关系？（比如hsa_circ_0071705作为microRNA 340的sponge？） 如果前三个课题成立，第四个课题就是：chr5:g.1281917C>突变在hsa_circ_0071705作为microRNA 340的sponge（海绵）中有什么影响？是否由于chr5:g.1281917C>突变导致了hsa_circ_0071705对microRNA 340的调控被阻断？ 好了，今天我们从一个数据库SomamiR DB 2.0出发，根据结果查询结果，找出来了四个研究课题，
最后，大家如果感兴趣可以尝试做一下，这里小张写的天马行空，过度较大，需要有些理论基础才能联系起来，大家在哪部分有问题可以在下面留言。另外，由于四个课题完全基于预测，所以如果真要做的话，一定要做预实验，而且要循序渐进的做。大家知道设计课题很简单，能不能做出来就不好说了。不过我们的目的也仅仅是通过一个例子来举例说明一些神器工具在我们科研中的应用，对于要写开题报告的朋友来说，可以多看看我们以前写过的文章。 相关文章： （文章篇）S5E21: SNP，miRNA和lncRNA的课题设计？（文末两个福利） （策略篇）S5E06: 把文章改成基金实例：基因SNP、肠道微生物、代谢和免疫 That’s all. Thank you!
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这里我们默认只用TargetScan进行预测，结果出现三条microRNA以及与
