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基因在不同组织细胞里表达增高或降低了，是否由于转录因子的影响？ 哪些转录因子能结合在所研究基因的启动子上？ 能否对转录因子结合情况进行预测？ 下面这个数据库可能会给你的研究提供一些帮助。 JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库，其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量，非冗余转录因子数据库，包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物，线虫，昆虫，真菌和植物。 Step1：打开官网，根据所研究的物种，选择不同的库，这里以 jaspar Core Vertebrata（脊椎动物）为例，点击进入。 Step2：进入主界面，在输入序列区域将查找到的启动子序列输入进去。 注：输入序列需为 FASTA 格式，即输入第一行为「>」 加「文字说明」第二行开始才为序列。 Step3：勾选想要检测的转录因子或者同一物种全部勾选（注意物种），其它选项默认，之后点击 SCAN 结果展示： Score 以及 Relative score 是根据相应算法运算后给出的，评分越高，结合的可能性越大。 数据库虽然能够预测到很多转录因子的结合，可是，它也只是起到提示作用，最终还是要通过实验验证哦。 参考文献： Mathelier A, Fornes O, Arenillas DJ, Chen CY, Denay G, Lee J, et al. JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic acids research 2016, 44（D1）： D110-115. 相关实验 蛋白质测序蛋白质染色实验DNA―蛋白质蛋白质定量实验作者：小草 |
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