分享

利用多网站预测转录因子结合位点

 勤劳的bee 2020-07-17

百度检索JASPAR

第一个就是我们需要的网站

随后,转战NCBI,找到相关子数据库找到人的EGFR 的启动子序列(fasta格式)

NC_000007.14(55019017..55211628)

55260294

上游2000-下游100

55260094

55262193

再转战UCSC,确定能够结合在启动子区域内的候选转录因子(UCSC)

EGFR正向转录,选择→,候选基因:EWSR1-FLI1SP2

最后,才是我们的主角:确定候选转录因子的结合位点(JASPAR)

最终确定选择SP2作为转录因子

整体思路就是三个数据库的轮转,但是具体实操还需要大家自行摸索。

如果有疑问,欢迎下方留言,我们一起交流讨论。

科研路上,不是所有问题,都可可以手把手教会。更多时候,都是给你一个思路,剩下的靠你自己去施行。

加油。 

    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多