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医知圈 周末，小编看到一篇一区神经医学的文章，文章摘要看虽然看似和TCGA关系不大，感觉伟大发现都是来自其自个的实验，其实不然。 发现往往比试验更重要， 读完全文后，笔者思索的是，这个分子是如何发现的，整理思路后，认为其原来是能过TCGA数据挖掘出来的，其被后可能有强大的团队在动作。 文章摘要部分： 方法 对来源于52个不同器官的正常组织和初级和复发性低级别胶质瘤（LGG）和胶质母细胞瘤（GBM）进行彻底的CD70基因和蛋白表达评估。还评价了CD70与患者总生存期及其对T细胞死亡的影响之间的关联。人和小鼠CD70特异性嵌合抗原受体（CAR）分别针对人原代GBM和鼠胶质瘤细胞系进行测试。这些CAR的抗肿瘤效力也在原位异种移植和同基因模型中进行了检查。 结果 在外周和脑正常组织中未检测到CD70，但在间充质亚组和复发肿瘤中，异柠檬酸脱氢酶（IDH）野生型原发性LGG和GBMs组成性地过度表达CD70。CD70也与这些亚组的存活率差有关，这可能与其直接参与胶质瘤趋化因子产生和选择性诱导CD8 + T细胞死亡有关。为了探索在GBM肿瘤中这种新鉴定的免疫抑制轴的治疗靶向的潜力，我们证明人和小鼠CD70特异性CAR T细胞在体外识别原发性CD70 + GBM肿瘤并介导已建立的GBM在异种移植和同基因模型中的退化非法的影响。 结论 这些研究确定了先前未表征的和广泛表达的GBM中的免疫抑制配体CD70，其也具有作为用于神经胶质瘤中的癌症免疫疗法的新型CAR靶标的潜力。
一个治疗靶点，首先是要有癌和部旁组织有差异表达，然后要做为治疗 ，要有特异性，因此，摘要部分就讲出了这些，认为这个蛋白分子意义重大，可以作为一个治疗靶点。小编要问，为何其就想到挑选CD70,而不用其它的蛋白靶标了，这个分子是如何找出来的？ 这就是TCGA的挖掘结果，使用从TCGA挑选的RNA-seq数据，我们在正常大脑中未检测到CD70，但是在主要LGG和GBM中观察到显着的CD70上调; 值得注意的是，原发性和复发性GBM表达最高水平的CD70。 CD70在原发性和复发性神经胶质瘤上的过度表达，但不在肿瘤浸润性T细胞上。（A-B）正常脑，原发性和复发性LGG和GBM中的差别CD70基因表达。将基因表达水平定义为RSEM（通过期望最大化的RNA-seq），并且从TCGA RNA-seq数据集中筛选患者的信息。 这就是发现的过程，一份高分的一区文章，就这样炼成了，能运用临床，又是一个各大商家选择投资的方向。同时，病理诊断也可以作为免疫组化、鉴别诊断靶标。 TCGA预后分析：CD70表达与LGGs和间质性GBM患者生存差相关CD70基因表达与原发性胶质瘤患者的总生存率呈负相关。（A-B）CD70表达的LGGs和GBMs不同亚组。（C-F）预测的中位总生存期随着原发性LGG，IDH野生型LGG，GBM和间充质亚型中的GBM的CD70表达的增加而降低（CD70 RNA-seq表达被认为是生存的连续预测因子，和年龄在所有亚组模型中使用Cox比例风险（PH）回归;在GBM亚组模型中进一步调整肿瘤亚型）。（G）通过LGG和GBM中CD70 RSEM的平均值（通过Cox PH回归对年龄，性别和GBM肿瘤亚型进行调整的亚组中位生存期估计值）定义的CD70高和低组之间的差异中值总存活率的总结。 TCGA数据挖掘其作用机制：CD70直接参与原代GBM趋化因子/细胞因子信号通路 CD70基因表达与原发性胶质瘤患者的总生存率呈负相关。（A-B）CD70表达的LGGs和GBMs不同亚组。（C-F）预测的中位总生存期随着原发性LGG，IDH野生型LGG，GBM和间充质亚型中的GBM的CD70表达的增加而降低（CD70 RNA-seq表达被认为是生存的连续预测因子，和年龄在所有亚组模型中使用Cox比例风险（PH）回归;在GBM亚组模型中进一步调整肿瘤亚型）。（G）通过LGG和GBM中CD70 RSEM的平均值（通过Cox PH回归对年龄，性别和GBM肿瘤亚型进行调整的亚组中位生存期估计值）定义的CD70高和低组之间的差异中值总存活率的总结。 以后就是动物实验，免疫组化，细胞流式分析等，都是套路，这样一篇高分有价值的文章就出来了。我们提供这样的数据分析服务，欢迎联系我们 微信 1478115560 |
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