国自然爱明星，拉你的基因进明星通路，一图搞定

明星人人爱，我家小汪也想跟明星攀亲戚。

这里有个神图

看到明星通路中的小紫结合在小汪转录起始位点附近，推测小汪被小紫调控，从而参与这个明星通路，顺利带我家小汪进入明星大家庭。

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原理

祖宗十八代，谁家没出过名人？只要你能连上线。

神图在此

《他中了国自然，因为最后一周补了这张图》里的图，帮我的小汪FHL3找到好多上游转录因子，有GATA1、NFE2、TAL1等。借助它们，带小汪进入明星通路。

我怎么知道这些转录因子参与哪个明星通路呢？要一个个搜文献吗？有办法。去Enrichr批量查询基因参与的pathway，http://amp.pharm./Enrichr/

点击第一行的Pathways。一眼扫过去，发现了IL-3、Notch、p73、c-MYB等pathway，妥妥的都是明星。

点击NCI-Nature 2016方块，再点击Clustergram。GATA1参与了Notch、p73、C-MYB通路。

点击PPI Hub Proteins，看到这三个转录因子怎样参与到蛋白质相互作用网络中。

接下来，设计生化实验验证GATA1、NFE2、TAL1对小汪FHL3的调控。妥妥的把我家小汪拉入明星通路大家庭：

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神图是怎么画出来的？

《哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？》一文讲了找上游转录因子的三种策略：

• Plan A：基于大量ChIP-seq公共数据挖掘

• Plan B：motif分析预测

• Plan C：ATAC-seq结合motif分析

ChIP系列带你实现Plan A

1. 在线实现

   Plan A详细步骤1234 | 哪个转录因子调控我的基因？
   

2. 本地实现

   神技能！批量解决哪个转录因子调控你的基因

3. 小丫帮你实现

   他中了国自然，因为最后一周补了这张图
   

motif系列答疑帖一步步帮你实现Plan B

1. 去哪找motif？

   史上最全物种转录因子、motif数据库footprintDB

2. 这段DNA上有我关心的motif吗？

   点鼠标就能找启动子区的motif | meme-FIMO
   

3. motif scan结果怎样看？

   互补链上的motif有意义吗？
   

4. motif结果怎样展示到文章里？

   找到了motif，怎样展示结果？

明天分享Plan C：ATAC-seq结合motif分析