哪个转录因子调控你的基因？最靠谱Plan A出网页版啦！

好消息！

神技能之网页版来啦！

找哪个转录因子调控了你的基因

只需轻点鼠标，你一定能够掌握

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昨晚打开Cistrome DB，http:///db/#/，发现第一行多了个ToolKit按钮

点进去一看，哇咔咔！这不就是Plan A的网页版吗！真是喜大普奔，普天同庆的大好事，小丫连夜赶稿子告诉小伙伴儿！

啥是Plan A？你一定错过了这篇《哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1》

• Plan A：基于大量ChIP-seq公共数据挖掘

• Plan B：motif分析预测

• Plan C：ATAC-seq结合motif分析

TookKit有三个模块：

模块一：谁调控了你的基因？

距转录起始位点1kb，10kb，100kb，任你选

模块二：谁调控了你关心的区域？

应用举例：模块1不认识你新鉴定的lincRNA的名字，在模块2输入位置就可以了。

模块三：谁结合了你的peak set？上传bed文件

应用举例：两组间H3K9me3的差异是哪个调控因子导致的？

以Fhl3为例，试用第一个模块：谁调控了你的基因？

Fhl3的故事，出自《他中了国自然，因为最后一周补了这张图》

先选择Histone mark and variants, chromatin accessbility，check一下FHL3周围的染色质环境，不但能判断转录活跃/抑制状态，还能初步判断转录起始位点。

输出的列表>10页，一次只能选<>

不急，我们点顶端的Result in figure。看到密密麻麻的点点，还是找不着北？

没关系，重要基因的转录是有组织特异性的，只看你关心的细胞类型就好。

在Biological Source里选我们感兴趣的细胞类型：Fetal liver。

鼠标移到大点点上，会浮现factor的名字。

可以看出，有较多的红色的ATAC-seq、DNase-seq的点点、绿色的H3K4me2、H3K27ac、H3K4me3、H3K9ac，和少量的H3K4me1、H3ac和H4K16ac。于是，判断FHL3是转录活跃状态，而且附近可能存在enhancer。

回到模块一的查询界面，这次选择Transcription factor, chromatin regulator

找到了这么多转录因子在Fetal liver里可能调控FHL3基因：CTCF, PolII, SPI1, RUNX1, TAL1, EZH2, NFE2, GATA1, EED, SUZ12, EZH1

点击TAL1悬浮框里的WashU genome browser

点击POLR2A悬浮框里的WashU genome browser

没错，FHL3转录起始位点附近确实有TAL1和POLR2A的结合信号。

上面两个截图就可以用到paper里作为Key Figure啦！

怎样展示到paper里？点开链接看例子：《怎样展示？CNS最爱的神图》

另外，你还能获得下面这些信息：

• 点击GSM***查看这套数据的质量、motif、靶基因等详情；

• 点击Download Result，下载csv文件，一共6000多套ChIP-seq数据，具体信息都给你了。
  

模块2和3类似，赶紧动手尝试吧！

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