元军占领海南岛后，元世祖至元十五年(公元l278年)戊寅改琼州府为置琼州路军民安抚司、南宁军、万安军、吉阳军，隶属于湖广行中书省下设的海北海南道宣慰司，宣慰司治所设于雷州。其时海南在路、军之下设县l2。至元二十八年(公元1291年)，元廷将新附的黎峒519峒、民2万余户从乐会县中分割出来，另置会同县；从琼山县中析出一部，置定安县。
天历二年(公元l329年)，琼州又改为乾宁军民安抚司，同时升定安县为南建州。
为了监察百官，至元三十年(公元l294年)海北海南道在雷州路设肃政廉访司；大德九年(公元l305年)，海北海南道与其它九道廉访司，均划归江南道御使台统领。元末，海南行政又划归广西行中书省领导。
元代的封建统治者十分重视海南的军事问题，除了建立地方行政机构外，还由蒙古兵和新附军统一编成地方军，由地方指挥，海南岛镇戌军由湖广行中书省的镇戌军交替派遣。初时每年更替一次，后改为二三年更替一次，成宗元贞二年(公元l296 年)，下诏：“海南城市戌兵，每岁更代，多往来辛苦，兹将良医前往治疗疾痛，可二三年一更代。”清道光《琼州府志》载：元朝在海南岛琼州城内和城郊共设有靖海营、南番营和白沙水军营，岛内还设有保义、永靖、八角、万全4个寨。
元代封建统治者在对黎族地区的统治方法上，有不少变化，首先是采取镇抚相结合的办法。封建统治者一方面对黎族人民实行残暴的武力镇压，以武力压服为主；同时任用归降的黎族上层“首领” ，封以官爵，并给予实权，准世袭其职。这与宋代封建王朝的“文治”为主，对黎族上层“首领”仅封以官爵，不给实权的做法有了重大改变。
在元朝九十多年的统治中，大举“征黎”的行动不下10次，武装镇压的规模更是前所未见。至元十六年(公元l279年)，海北海南道宣慰使朱国宝，前往琼州，“宣示”朝廷的“恩威” ，在元军强大兵力的压迫下，一直不肯“降服”元朝的黎族，如南宁军的谢有奎诸峒等，只好前往“投效” 。在这次军事行动中，朱国宝“降服”的黎族前后达3000户，30个峒。至元十八年(公元l281年)，朱国宝奉朝廷之命，再次对黎族用兵，攻破临高县黎族聚居地，“降服”了居亥、番亳、铜鼓、博吐、桐油等l9个峒。遣部将韩旺率兵略大黎、密塘、横山，诛黎族首领李实等，焚毁了这些地方黎民的房屋，并活捉了大钟、小钟诸部首领l8人。【注：见《二十五史》(9)第7683页，上海古籍出版社1986年第l版。】
然而元军在海南岛黎族地区所进行的旷古未有的大规模武力行动，还是发生在至元二十八年后三年之间所实行的征讨。至元二十八年(公元l291年)五月，琼州路安抚使陈仲达向元世祖献平黎之策，得到元世祖的首肯，授其为海北海南道宣慰使都元帅，命令同廉希恕等将率蒙古兵200人，汉军2080人，顺化新附军5000人，预定十月间南渡海南岛，在民兵l.4万人的配合下，“收诸黎” 。但陈仲达突然病卒，于是元世祖令湖广行中书省平章政事阔里吉思当监军，任命陈仲达的儿子谦亨领万户府，统率诸兵，以同知海北海南道宣慰司事副元帅王信、伯颜吉思，并万户教化孙韩旺、杨显祖等率领蒙古汉军顺化军，广西宣慰使杨延壁、宣慰副使林应瑞、副万户秦彪等率领诸地黎兵，镇抚高祐率领曾为拔都所统率的南蛮兵，一齐进剿。部署停当之后，至元二十八年(公元l291年)十一月开始向黎族地区进攻。至元二十九年(公元l292年)二月，元军攻陷万安军地区的黎族各峒，三月攻入南宁军地区的黎族诸峒；至元二十九年(公元l292年)十月，再度开始征讨，到至元三十年(公元l293年)三月，“讨伐”了万安军属下陵水县的许多黎峒。至元二十九年(公元1292年)七月，阔里吉思应元世祖召见北上，此后对黎族地区的“清剿”活动由朱国宝之子朱斌【注：(明)嘉靖《广东通志》上误为“宋斌”。】，以都元帅职袭其事，十月“讨伐”儋州诸黎，十二月元军控制了古振州即崖州之地，至元三十年(公元l293年)正月，元军攻入五指山腹地，并在黎母山上刻石，记述此次“讨黎”之事。二月，元军回防。元军的这次大规模“征讨”活动，前后历时三年，受到元军毁灭性打击的地方有“琼州清水以下十九个峒，主要峒首有符十九、符察、陈萃、梁六犊、王郎、王嗣、陈子渊、黎福平等渠魁，降附者不可胜数，得峒六百，户口二万三千八百二十七，招收户口一万三千四百九十七。从省幕乌木孙泽议，立寨学训谕诸峒，奏置屯田府，立定安、会同二县，万全一寨。” 【注：参见(明)嘉靖《广东通志》卷八七、见《二十五史》(9)第7678页，上海古籍出版社l986年第l版。】
这次军事行动结束以后，元朝设置海北海南屯田万户府，同时又在海南设置黎兵万户府。前者招募民户，并且拨发新附的士卒，叫他们镇守在海北海南的黎蛮之地，实行屯戌，所以该万户府又被称为黎蛮屯田万户府，这一办法把内附的“黎蛮”群众也作为屯兵的组织部分。当然，这种屯田方式不光设于海南岛一处，而是分散在两广“蛮夷”地区和海南岛上，分布于各个民族聚居区附近，但海南的屯田占有重要地位，屯田占其半数。据《元史》记载，当时琼州路的屯田就有二百九十二顷九十八亩，五千一十一户。后者由海南黎族组成，专门负责海南“黎防”的工作。黎兵万户府下辖十三翼千户所，分布在海南岛各地，每千户所又辖百户所八处，自万户以下都任用黎族“峒首”世袭其职，统率属下的“黎兵”，兼管地方上的军事和民政。两者在大德二年时被废，元成宗大德二年(公元l298年)五月罢海南黎兵万户府及黎蛮屯田万户府，以其入琼州路军民安抚司。但是到至顺年间(公元l330--1333年)黎族大暴动以后，元统二年(公元l334年)，湖广行中书省申请：海南僻在极远，邻近占城、交趾，环海四千里，其中有百峒黎獠盘踞，有设立万户府，以便镇戍的必要。中书省将湖广行中书省的奏章转奏元顺帝，元顺帝准其奏，批准依照广西屯田万户府之例，使其恢复。万户府置三品三员，千户所十三处，每千户所辖百户所八处。每个千户所有兵千人，屯户五百，由官拨给田土、耕牛、种子、农具，免差徭。
元朝封建统治者不仅驱使“黎兵”镇压当地的农民起义，还征调他们参加远征。如至元二十九年，“为远征日本而征调黎兵” 。为使安南、占城归顺元朝，元世祖在至元十九年到至元二十一年(公元l282--1284年)遣兵讨伐，没有达到目的，至元二十四年(公元l287年)，元世祖再命太子脱欢担任统帅，临时设立征交趾尚书省，将阿里海牙补为左丞相之官职，统率江淮、江西、湖广三行省的蒙古汉军共70000人，战舰500艘，再加上云南兵6000人，以及海外四州(即海南四州)的黎兵15000人，从事远征。《元史·安南传》上说：“九月，琼州路安抚使陈仲达，南宁军民总管谢有奎、延栏军民总管符庇城，出兵船，助(脱欢)讨伐交趾，又从事讨伐安南王。”在至元二十年(公元l283年)征伐占城时，琼州路安抚使陈仲达和总管刘金、把总栗金，就以包括黎兵在内的1600人，前往征战。不少的黎族上层人物、“首领”也因参与征战有功，被授予更高的官职，得到重用。如至元二十四年(公元l287年)南宁军(统辖宜伦、昌化、感恩三县)的黎族上层首领谢有奎由于招降“三十峒首与三千户同时内附” ，并率领“黎兵”远征有功，而被“授予沿海军民总管，佩金符” 。【注：(清)道光《琼州府志》卷四二。】
至元二十九年，依阔里吉思的推荐，又根据湖广行中书省员外郎、曾经参加过海南征黎军事行动的乌木孙泽的提议，开始在各地设立“黎学” ，使其教谕黎人子弟。以后这些“黎学”普及到每个千户所【注：《舆地纪胜》卷一二四《琼州·景物上》《新学》条。】。元代的这些措施虽然都是为了在黎族中培养封建统治阶级的后继者，但对于黎族文化教育的发展，在客观上起到了积极的推动作用。
元代，黎汉两族人民的交往比宋代有了进一步的增强，特别值得一提的是宋末元初女纺织家黄道婆与黎族人民交往，向黎族人民勤奋学习纺织崖州被的工艺，创造出当时一套最先进的棉纺织工具和技术，推动了我国棉纺织业发展的动人事迹【注： (元)陶宗义：《辍耕录》。】。黄道婆因不堪封建家庭的虐待，被迫背井离乡，搭乘海船流落到崖州。当时崖州的棉纺织业比较发达，当地黎族人民十分同情黄道婆的遭遇，热情关心和款待她，并向其传授纺织崖州被的技术。她在崖州居住了40年，到元朝成宗元贞年间(公元l295--1296年) 返回故乡。黄道婆回到乌泥泾后，把从黎族妇女那里学来的一套棉纺织技术和加工棉纺织工具的工艺传授给当地的劳动妇女，并在原来处理棉花的基础上对去籽、弹花、纺线和织布的工具和工艺进行改革和创造，成功地创制出轧棉用的手摇高车，弹棉用的粗弦大弓，以及三璀脚踏纺车，使功效提高了两三倍，成为当时世界上最先进的纺棉工具。黄道婆把黎族妇女擅长的错纱、配色、综合线、挈花等工艺，结合汉族传统的优秀丝织技术，运用到棉织品上去，织成有各种美丽图案花纹的缛、带、手巾等等，深得当时人们的喜爱。黄道婆对于我国棉纺织技术发展所作出的杰出贡献，是黎汉两族劳动人民的劳动和智慧的结晶，也是黎汉两族人民友谊的体现。
