一个课题设计思路送给你，先到先得

晚上12点，远近略闻爆竹声；

夜里3点半，有早起的鸟儿啾啾两下；

清晨4点半，天色就已微微发亮；

国自然基金还有三周时间就要提交了，想必很多人近期都有这样的见闻。

春节长假无法休息，更不提假后第一个周末了。

中午，毒小妹发来两条贺电，第一条是：梦熊好帅；第二条是：我想研究一个分子，快帮我找一个下游调控的miRNA开题用，急。

想必列位看官心中已然明了：这也太简单了吧。

毒小妹的研究方向是卵巢癌（OV）的发病机理，她选择的分子是大名鼎鼎的GAS5。

好吧，直接一波生信数据库走起。

1、查看GAS5的表达，发现在肿瘤组织中低表达

2、查看GAS5在OV中的报道

A、Decreased expression of long non-coding RNA GAS5promotes cell proliferation, migration and invasion, and indicates a poorprognosis in ovarian cancer.

B、LncRNA GAS5 suppresses ovarian cancer by inducinginflammasome formation.

C、Long non-coding RNA growth arrest-specifictranscript 5 is involved in ovarian cancer cell apoptosis through themitochondria-mediated apoptosis pathway.

Pubmed中一共搜到了三篇GAS5在OV中的报道，这说明GAS5在OV中的研究可以算一个创新点。

3、下游思路

ceRNA在基础研究中经久不衰，它代表了一种全新的基因表达调控模式。其调控网络涉及多种RNA分子，包括mRNA、假基因、lncRNA、circRNA和miRNA等，用它来设计一个简单课题完全OK。毒小妹仅仅需要GAS5作用的miRNA，能做出来的可能性高即可。

a、先用我们熟悉的StarBase进行预测：

有很多miRNAs预测到与GAS5结合

而这么多miRNAs该选哪个呢？一般情况下可以使用两头往中间靠的策略，而这里毒小妹仅仅想找一个证据稍微强一些的miRNA。

b、接下来，我们使用DIANA tools进行预测。

先在UCSC中找到GAS5的位置：chr1:173,833,039-173,837,125，用Search by location进行查询：

又获得了大量的miRNAs，复制下来，去重。

c、为了继续减少候选miRNAs数据，确定最终选择的miRNA，梦熊又利用lncRNAMAP进行预测：

该工具以示意图的方式表示着miRNA在哪个位置与lncRNA存在结合位点。

注：这个工具需要将miRNA一个一个复制下，看上去不费脑子的事儿也挺令人讨厌的，不过为了课题豁出去了。

终于，梦熊又获得了一批miRNAs：

d、利用venn图取交集

惊人的事发生了，三个数据库中均包含了一个共同的miRNA，miR-18a-5p：

e、查看miR-18a-5p在卵巢癌中的报道

Pubmed搜索发现，仅有一些关于miR-18a与卵巢癌基础研究，而无明确的miR-18a-5p在结直肠癌中的报道。另外miR-18a-5p在其他肿瘤中起着促癌作用，跟本思路一致。

那么最终我们可以选定miR-18a-5p作为本项目中另一研究分子。

而miR-18a-5p下游分子又该如何选择呢？敬等毒小妹的下回贺电。

本思路仅为学术讨论，如有雷同，纯属巧合。

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