如何从一篇高分文章出发编个课题出来？

以前我们写过一篇文章：看文章和做实验哪个重要？。其实，以过来人的经验来说，还是建议大家多看看文章，文章看多了思路就多，还能避免好多坑，据我们所知，不少课题（包括中标的国自然）从一开始就是坑，跳进去就出不来了。

好了，闲言少叙，我们看看从一篇文章出发如何设计个课题出来，如果感兴趣，可以尝试做一下。当然，前提是，你的课题还能改。

这篇文章是复旦大学生物医学研究院的刁建波研究团队发表在Mol Cell（IF 14.7）杂志上的：

Zc3h13 Regulates Nuclear RNA m6A Methylation and Mouse Embryonic Stem Cell Self-Renewal.Mol Cell. 2018 Mar 15;69(6):1028-1038.e6. 

主要说的是Zc3h13这个基因调节细胞核RNA 的m6A甲基化和小鼠胚胎干细胞的自我更新：

对于各位临床的同学来说，如果你只追求5分以下的文章，只需要知道Zc3h13这个基因调节RNA的甲基化和干细胞自我更新就可以了。下面我们在尽量只用Zc3h13这个基因调节RNA的甲基化和干细胞自我更新这个结论的基础上看看能不能设计个课题帮你毕业。

首先我们检索一下Zc3h13这个基因发表的文章数量：

一共有10篇，其中在疾病中报道的有3篇：

• AAV-mediated direct in vivo CRISPR screen identifies functional suppressors in glioblastoma（胶质瘤）.Nat Neurosci. 2017 Oct;20(10):1329-1341. 

• Novel head-to-head gene fusion of MLL with ZC3H13 in a JAK2 V617F-positive patient with essential thrombocythemia（特发性血小板增多症） without blast cells.Leuk Res. 2012 Jan;36(1):e27-30. 

• Novel somatic frameshift mutations of genes related to cell cycle and DNA damage response in gastric and colorectal cancers（胃肠癌） with microsatellite instability.Tumori. 2010 Nov-Dec;96(6):1004-9.
  

考虑到有两篇是肿瘤的，但是没有肿瘤里面围绕Zc3h13这个基因开展的单独的文章，我们就从肿瘤开始：

这时我们先上神器GEPIA：http://gepia./。我们先看Zc3h13这个基因在TCGA的各个肿瘤里面表达情况：

红色的是显著高表达的肿瘤，绿色是显著低表达的肿瘤，我们看到除了LIHC肝癌是显著低表达外，Zc3h13在包括DLBC（弥漫性大B细胞淋巴瘤），ESCA（食管癌）、LAML（急性髓系白血病）、PAAD（胰腺癌）、SKCM（黑色素瘤）、STAD（胃腺癌）和THYM（胸腺瘤）这7个肿瘤里面都是显著高表达的：

这是用Box-Plot展示的结果。

下面我们再接着看在这7个肿瘤里面，Zc3h13这个基因是否与预后相关，运气不好，在8个肿瘤里面，只有LAML（急性髓系白血病）的总生存期（OS）是相关的：

不过也没有关系，我们可以自己收集样本验证下看看。

好，接下来，我再用神器Starbase（http://starbase./）看看有没有调节Zc3h13的lncRNA、miRNA等，争取从上游再做点工作：

（1）预测调控Zc3h13的miRNA：

以至少两个肿瘤里面预测到miRNA为标准，共找到16条：

其中miR-155-5p有8个肿瘤，是最多的：

我们看一下黑色素瘤（SKCM）中miR-155-5p和Zc3h13的共表达关系：

这样就有了一个miR-155-5p/Zc3h13在黑色素瘤调控RNA甲基化的功能。

（2）预测调控Zc3h13的lncRNA：

通过ceRNA network模块，我们一共预测到96条：

其中lncRNA有一条NEAT1：

共表达关系：

这样就是lncRNA NEAT1 作为Zc3h13的ceRNA在黑色素瘤调控RNA甲基化的功能研究了。

剩下的就是细胞、动物水平的功能和分子机制研究了，大家可以看我们的课程：零基础发表1-3分SCI文章，有套路吗？当然，如果你想深入做，可以研究一下Mol Cell这篇文章。