冬天来了 >source('https:///biocLite.R') > biocLite('simpleaffy') > library(CLL) > data('CLLbatch') > Data.qc <->-> > plot(Data.qc) 上图第1列是所有样品名称,第2列是两个数字(对应每个样品),上面数字以百分比形式出现检出率,下面数字表明平均背景噪音;第3列(QC Stats)最下面的横轴是尺度因子对应的坐标,取值范围-3~3,浅蓝色作为边界;第3列三项指标:尺度因子、GAPDH 3‘/5’比值和actin 3‘/5’,分别用实心圆、空心圆、三角标志表示。若第3列有红色“bioB”表示该样品未检测到BioB;所有指标出现蓝色表示正常,红色表示可能存在质量问题。若BioB无法检测,判定该芯片实验失败。CLL15.CEL检出率38.89%明显低于其他样品,actin3/actin5远大于3,而且没有检测BioB,判定数据无效。 |
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