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在整个的测序过程当中，影响有效数据量的因素有以下这些： 第一，一张芯片上，所有的预制孔中，有多少孔是有珠子进入的。I SP density，也就是I on Sphere Particals（I SPs）。比较理想的情况下，I SP density可以达到60～80%之间。这个值一般是由把珠子加到芯片上去的这个过程所决定的。加载的越好，则有珠子的孔数越多。 第二，是珠子是否长了文库DNA链，这个指标是由磁珠纯化的过程来决定的。纯化的越好，则有文库DNA的珠子越多，没文库DNA的珠子越少。
第三，是单克隆的珠子和多克隆的珠子的比例，所谓单克隆的珠子就是在一个珠子上只长了一种DNA分子。而多克隆的珠子，是指一个珠子上长了2种或者2种以上的DNA分子。在Ion Torrent测序过程当中，只有单克隆的珠子才可能产生有用的数据。而多克隆的珠子所产生的数据是乱的，是没有用的。
产生单克隆珠子或多克隆珠子是在油包水PCR过程当中一个水滴当中包含了几个DNA文库分子来决定的。如果一个液滴当中，一开始只包含了一个文库分子，做出来就是单克隆的珠子。如果一个液滴当中包括了2个或者2个以上的文库分子，做出来就会是多克隆的珠子。
那么产生多少个多克隆的珠子，又产生多少个单克隆的珠子，它是一个统计的过程。是符合泊松分布的。目前理想情况下，大概可以达到70～80%左右的珠子是单克隆的珠子。
第4个影响因素，是柱子上长得序列是否是有用的样本序列，所建文库中多多少少会含有一部分是引物二聚体，引物二聚体的序列是无用的序列。测到的序列当中，有一部分的序列质量低于可接受的水平，这是会被去掉的。
还有，在测序过程中，一般会加1%的阳性对照珠子。这些对照珠子是进行质量控制的，但是这些阳性对照珠子上所测到的序列，也是无用的序列。剩下是有用的样本序列。 |
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