| 共 19 篇文章 |
|
QIIME2: https://docs.qiime2.org/2017.8/QIIME1: http://qiime.org/软件地址：http://qiime.org/fastq-join是打包在qiime中的拼接软件，在qiime中运行join_paired_ends.py默认调用fastq-join，可选其他软件如SeqPrep（https://github.com/jstjohn/SeqPrep），后者目前还比较少在文献中出现，运算速度上这两个软件还是不错的。官网地址：http:... 阅2960 转24 评0 公众公开 18-03-12 10:14 |
高通量测序技术（High-throughputsequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为... 阅776 转36 评0 公众公开 18-03-11 20:23 |
高通量测序原理篇-Ion Torrent测序原理篇4.Ion Torrent测序平台一直有一个Homopolymer问题，所谓Homopolymer问题，就是测序仪在测到一连串相同的碱基的时候就读不准到底有几个碱基。油包水PCR反应是一个对操作很敏感的实验步骤，为了提高实验结果的一致性，也为了减少人工消耗，ThermoLife公司还在Ion Torrent平台上推出了半自动的油包水PCR反... 阅2693 转33 评0 公众公开 18-03-11 20:02 |
高通量测序原理篇-Ion Torrent测序原理篇4.纯化的越好，则有文库DNA的珠子越多，没文库DNA的珠子越少。第三，是单克隆的珠子和多克隆的珠子的比例，所谓单克隆的珠子就是在一个珠子上只长了一种DNA分子。产生单克隆珠子或多克隆珠子是在油包水PCR过程当中一个水滴当中包含了几个DNA文库分子来决定的。这些对照珠子是进行质量控制的，但是这些阳... 阅1508 转49 评0 公众公开 18-03-11 20:02 |
高通量测序原理篇-Ion Torrent测序原理篇3.Ion Torrent测序芯片是一个半导体芯片，上面做了数以百万、千万计的小孔。它每个小孔的即是测序微珠的容器，又同时是一个微型的PH计。Ion Torrent的测序原理是：每个dNTP分子都有3个磷酸基团，当dNTP被聚合酶结合到DNA链上 时，会掉下来一个分子的焦磷酸，1个焦磷酸分子会被酶再进一步分解成2个磷酸分... 阅6446 转101 评0 公众公开 18-03-11 20:02 |
高通量测序原理篇-Ion Torrent测序原理篇2.文库通过油包水PCR，变成可上机的珠子的过程；与此同时，引物、酶和dNTP是过量的，所以几乎每个小水滴当中都会有足量的引物、酶和dNTP，在整个油包水PCR反应当中，文库分子和测序微珠是限量因素。接着，把混合好的乳浊液进行PCR反应，PCR反应的结果是一个小水滴中，如果它同时有文库分子和测序微珠，... 阅5115 转88 评0 公众公开 18-03-11 20:01 |
高通量测序原理篇-Ion Torrent测序原理篇1.Ion Torrent测序平台的测序仪也是当今非常红火的测序平台，其半导体测序技术同时也是分析肿瘤相关样本的一种非常有效的手段，从今天开始会像大家系列介绍Ion Torrent平台的测序技术。X接头和A接头的差别是带有Barcode序列的，而A接头是不带有Barcode序列的。在Ion Torrent测序当中，AmpliSeq文库是一... 阅8422 转103 评1 公众公开 18-03-11 20:01 |
高通量测序原理篇-Illumina测序原理4.这是Illumina最核心的另外一个技术，就是双端测序。第二段的测序原理和第一段的测序原理是一样的，加上了“Read 3”的引物，依次往下，一个一个碱基地往下读。这也就是Illumina测序非常强大的原因，因为是成千上完，准确说是上亿个链都在合成，就得到了一个很大的数据量。Illumina测序原理介绍已经介绍完。 阅2583 转48 评0 公众公开 18-03-11 20:01 |
高通量测序原理篇-Illumina测序原理3.在测序的时候加进去的最主要是2个东西，一个是带荧光标记的dNTP，而且这个dNTP他还有个特点，它的3’端是被一个叠氮基堵住的。因为这个dNTP3’端是被叠氮钠基团给堵住了，所以一个循环只能延长一个碱基，然后它就停在那了。因为四种dNTP它每一种上面的荧光素都不一样，根据红黄蓝绿它出来的哪种颜色，就可... 阅2649 转55 评0 公众公开 18-03-11 15:47 |
高通量测序原理篇-Illumina测序原理2.这个过程，首先是把文库加入到芯片上，因为文库两头的DNA序列，和芯片上引物是互补的。这个过程，首先是把文库加入到芯片上，因为文库两头的DNA序列是和芯片上的引物是互补的。杂交完之后在这里面加入dNTP和聚合酶，延着模板合成出一条全新的DNA链来，新的这条链和原来的序列是完全互补的。 阅1371 转52 评0 公众公开 18-03-11 15:47 |
