clinvar数据库

微笑如酒 2018-04-16

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简介

网址：https://www.ncbi.nlm./clinvar/

ClinVar是NCBI主办的与疾病相关的人类基因组变异数据库。它的强大在于整合了dbSNP、dbVar、Pubmed、OMIM等多个数据库在遗传变异和临床表型方面的数据信息，将变异、临床表型、实证数据以及功能注解与分析等四个方面的信息，通过专家评审，逐步形成一个标准的、可信的、稳定的遗传变异-临床表型相关的数据库。当前数据库可支持XML、VCF以及制表符定界文件格式的文件。ClinVar同时支持在线和下载到本地两种形式。

搜索

ClinVar支持简单搜索和高级搜索。

简单搜索包括：

gene symbols
HGVS expressions
protein changes
rs numbers
diseases
submitters
a location on a chromosome for an assembly

比如：我们可以在搜索框中输入GJB2查看所有关于这个基因的突变位点记录：

高级搜索（点击Advanced）可通过类别（Fields）和关系符操作（AND/OR/NOT），比如：

(deafness[Disease/Phenotype]) AND GJB2[Gene Name]

在左侧有各种条件，以对这些位点进行进一步的筛选~（以上面GJB2为例）

GeneCustomize this list...Clinical significance # 位点的临床致病性Conflicting interpretations(22)Benign(26)Likely benign(40)Uncertain significance(80)Likely pathogenic(64)Pathogenic(125) # 只想要看致病的位点，点这个即可~Risk factor(0)Review status # 证据的准确性Practice guideline(0)Expert panel(0)Multiple submitters(77)Single submitter(116)At least one star(215)Conflicting interpretations(22)Allele origin # allele的来源Germline(226)De novo(2)Somatic(0)Method type # 位点的报道方式Research(7)Literature only(77)Clinical testing(238)Molecular consequence # 分子水平的信息Frameshift(26)Missense(129)Nonsense(18)Splice site(2)ncRNA(0)Near gene(2)UTR(31)Variation type # 突变类型Deletion(36)Duplication(29)Indel(3)Insertion(10)Single nucleotide(203)ComplexityHaplotype(3)Compound heterozygote(0)Phase unknown(0)Distinct chromosomes(0)Simple(266)Variant lengthLess than 51 bp(235)Between 51 and 1000 bp(0)Between 1 and 50 kb(0)Between 50 and 500 kb(2)Between 500 kb and 1 Mb(0)Between 1 and 5 Mb(4)Greater than 5 Mb(16)Variant-gene relationshipSingle gene(238)In overlapping genes(0)Spans multiple genes(30)Multiple genes(31)

现在，我只想要看致病的位点，就可以点击Pathogenic(125)和Multiple submitters(49)进行筛选：

点击第一条记录：

ClinVar 采用的是星标系统（star-based system），可以评估某个特定突变在疾病中的本来或者注释作用。四星级是最高级，也就是说这个突变的功能已经经过了多位专家的测评。这样详细审查过程的好处在于用户能信任三、四星突变的功能注释。
更多时候是只有一星的突变，这通常只基于单个提出注释功能的研究成果，还有没有星的，也就是提交者没有提供解释标准和支持证据。ClinVar 工具的一个问题在于其数据库中大多数临床上重要的突变（83%）都是某个家庭中独一无二的，或者非常罕见的。