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最为常见的草酸钙结石，草酸与钙结合后在尿液里沉淀下来就形成结石，这个时候最简单的化解方法就是拿柠檬酸来与草酸竞争，活性大的柠檬酸先与钙结合后则不会形成沉淀，接着再以镁或者钾来与钙竞争，镁或者钾与草酸结合也不会沉淀或者结晶。也就是说，药物里只需增加身体内尿液里柠檬酸与镁、钾这些成份，就可用来预防肾结石产生。 而维他命B6是最经济的一种药物，它能够促使柠檬酸在尿液里和钙结合，减少草酸钙结晶的机会，可用来预防草酸钙结石。氧化镁本来是消化药、软便剂，亦可用来预防草酸钙结石。不过尤其需要注意的是，镁自身亦是发炎结石的成份，故有发炎的尿液就不大适合使用。 此外一种药物成分是柠檬酸钾，它是当前最经常使用预防结石的药物，从以前的研究，发现尿里的酸碱值与柠檬酸值和尿路结石的形成有很密切的关系。比如在酸性尿液里（pH值小于5、5），尿酸的溶解度很低，容易引起尿酸结石：相反的，在碱性尿液里（pH值大于7），则磷酸钙或者磷酸表镁结石极容易形成。这可从19─63%的尿路结石患者，其尿里柠檬酸少于标准值，被视为形成尿石的原因之一得到证实。因柠檬酸钾可提供较多的柠檬酸与提升尿里的pH值，因此对于尿酸结石，低柠檬酸钙结石症与肾小管中毒症导致的钙结石症有很突出治疗效果。 柠檬酸钾不仅有上述功能，它还会引起尿里的钾离子升高与氨离子的降低。这是因为柠檬酸钾不仅补充了柠檬酸，并且也补充了钾的原因。但是因钾在身体内的代谢非常快，血中钾含量并无变化，因此对身体影响不大。后者则反映出柠檬酸钾确实碱化了尿液而使酸性的氨离子降了下来。 而从每天总尿量、草酸、磷酸盐、钠、镁、硫酸盐与尿酸等方面的观察发现，也并不受服用柠檬酸钾影响。通常有尿酸结石的患者，通常其尿里pH值都小于五、五，在用了柠檬酸钾之后，平均ph值可上升，并且近九成的患者不再复发。至于低柠檬酸结石症适合以柠檬酸钾治疗，所有患者均会减少尿石形成，完全不复发的病高达九成五。对于肾小管酸血症并且尿石症的患者，几乎所有患者都减少尿石形成，有近六成的病患有缓解症状的作用。 除了柠檬酸钾之外，预防尿路结石的药物还有降尿酸药Allopurinol，不仅可以治疗尿路结石亦可预防高尿酸钙结石。对于有纯尿酸结石或者高尿酸钙结石病人，每日服用二百至三百毫克的Allopurinol，大都可以降低尿里的尿酸至正常范围，如果有必要，还可以增加剂量至六百毫克。 不过，即便Allopurinol是很安全的药物，医生提醒您，不良反应有时还是会发生，例如皮肤疹、肾功能不良、药物性肝炎与粒状白血球太多症等等，甚至引起Xanthine结石，万一出现这些症状时，必需停药观察。 此外，利尿剂Thiazide亦可预防尿路结石。因Thiazide可以抑制小肠吸收太多的钙，还会增加肾脏对钙的再吸收能力，降低尿里钙含量，因此肾性高尿钙症与吸收性高尿钙症病人最适合这种药物治疗。特别是有高血压，并且复发性结石钙患者，Thiazide的治疗特别好。相反地，原发性副甲状腺亢进症与肾小管酸血症则绝对禁忌服用Thiazide。 
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