1899年8月，中东铁路南支线破土动工，同年10月，开始修建哈站。由于火车站附近住有一户姓秦的农民，当时这一带叫秦家岗（南岗）。因此，设在这的火车站中国人称它为秦家岗站。直到1903年7月14日，中东铁路正式运营时，才正式定名为哈尔滨站。
1903年春，“阿尔双堡式”的哈尔滨老站舍开始动工兴建。设计者采用了当时盛行于西方的最新建筑样式-新艺术运动风格（斯拉夫风格）。1904年底，站舍告竣。新站舍总面积为2700平方米。
1955年，哈尔滨站站舍第一次扩建，将原行李房旧仓库拆除，修建了一座面积为736平方米的售票厅；投入使用后，将原小售票厅改为候车厅。
1960年，哈尔滨站第二次扩建改造站舍。同年3月6日-28日，用炸药、推土机等将原摩登建筑“阿尔双堡式”老站舍拆除，5月6日扩建改造工程破土动工。由天津大学的建筑专家、教授承担设计，准备在原址新建一座由中央主楼、东翼、西翼三部分组成的现代化的大型站舍，原设计建筑面积为23000平方米。开工时，分为西端、西翼、东端、东翼及中央五部分施工。由于设计变更频繁，施工等待图纸，形成边设计、边修改、边施工的局面。当年年底，西端、西翼分别完成三层和二层楼板；东端及东翼各完成一层和二层楼板；中央部分仅完成基础，主体工程未修建。1961年，因缩短基本建设战线，哈站站舍工程则半途而止。同年8-12月，整修了西端及西翼部分，1962年1月交付使用，使用面积达6811平方米。
1972年，哈尔滨站站舍进行了第三次扩建施工，将东端、东翼中途停止的工程接续上马；同时，又把西端、西翼工程进行部分大修，候车室面积较前扩大了一倍，达到12660平方米。但是，中央主楼一直没建，这就形成了“火车站两头盖”的格局，被称为“一大怪”，并持续了28年之久。
1988年6月1日-1989年10月1日，哈尔滨站站舍进行了第四次扩建改造，总体工程有新建中央主楼11191平方米；改建东、西两翼增加一层4257平方米；原东、西两翼重新装修17058平方米；新建第三、第四候车厅12234平方米；新建两座高架天桥1751平方米；室外通廊1694平方米，整个新扩建工程总面积28943平方米。
1999年，为配合哈大电气化铁路工程，哈尔滨站进行了第五次改造，站场改造及新建高架候车室，发送旅客能力提高一倍。新站舍有4个主候车大厅，6个辅助候车厅，总建筑面积42122平方米，大于1904年老站舍近16倍，且现代化设施齐备。
由于现存的哈尔滨站站舍已使用逾20年之久，故存在多方面问题，如站台低矮、破损，列车接发能力不足，候车室面积过小，基本满负荷运行，主要站舍南北距离过长导致旅客通行不便、北侧霁虹桥下净空不足导致列车通过能力下降等等......为解决上述问题，2015年11月，哈尔滨火车站改造工程正式启动。
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（1903年建设的哈尔滨火车站站舍立面图、剖面图和平面图纸）
（1899年时的哈尔滨秦家岗火车站临时站房）
（原哈尔滨火车站内的俄式给水塔）
哈尔滨火车站是哈尔滨城市建设初期最早修建的几座大型建筑之一，火车站外立面为典型的“新艺术”风格，设计方案是在俄国完成的，其平面布局比较严谨而合理。建筑由一、二、三等候车室、中央门厅、餐厅及处于最右端的中国人候车室等五个大厅构成。围绕着这五个大厅分别布置了售票室、行李房服务员室、警察室、站长室、小卖部及卫生间等辅助用房，总面积为1619.78平方米。
（伊藤博文在哈尔滨车站遇刺前一刻）
（日本人设置的安重根击毙伊藤博文事件发生地标识）
（朝鲜爱国者安重根）
（日本人事后在哈尔滨日本居留民会公会堂内花费2万元建立的伊藤博文胸像）
（网络图片。2014年1月19日下午，位于哈尔滨火车站的安重根义士纪念馆举行隆重的开馆仪式。）
1909年10月26日9时，日本第一任首相伊藤博文在哈尔滨火车站被朝鲜爱国者安重根刺杀。（2014年1月19日下午，位于黑龙江省哈尔滨火车站的安重根义士纪念馆举行隆重的开馆仪式。）1926年，火车站站舍又进行了局部改建。1934年，拉滨铁路与滨北铁路接轨，哈尔滨站成为5条铁路干线的交汇点，成为重要枢纽。1935年满洲国收购中东铁路之后，哈尔滨站每天开行8对旅客列车。
（1945年8月19日，苏军占领哈尔滨火车站。）
（1948年10月17日，沉陷重围的长春守敌国民党第六十军由军长曾泽生率领宣告起义。图为曾泽生到哈尔滨火车站时，受到热烈欢迎。）
（上个世纪八十年代时的哈尔滨火车站和站前的苏联红军纪念塔）
上个世纪九十年代时的哈尔滨火车站
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