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如何查询和展示一个基因在组织和细胞株里面的表达?

 yjt2004us 2018-05-09

大家在研究某个分子的时候,常常需要了解下某个基因在各个组织和细胞中的表达,今天我们就介绍两个工具:


(1)The human protein atlas

网址:http://www.proteinatlas.org/

这个数据库我们前面介绍过((工具篇)S5E50:航母级神器——蛋白组学结果大收录!),功能非常强大,我们举例查询一下基因Sox2在组织和肿瘤中的表达情况:


首先输入sox2,

接下来选择第一个,

打开后我们看到可以查询组织、细胞和肿瘤中的表达情况:

组织:

分别是蛋白表达和mRNA表达。单击细胞后,各个细胞系里面的表达:

以及在细胞内部的定位:


最后是肿瘤里面的免疫组化结果:


(2)CCLE:Cancer Cell Line Encyclopedia


网址:https://portals./ccle/home

下面我们看一下怎么操作,在右上角的search框输入基因名:sox2

提交后在弹出的界面里选择sox2单击:

下面是打开的界面:

这里展示的就是sox2在各个组织类型的细胞里面的总体表达情况,这是箱式图,下面是散点图:

我们可以下载数据,下载后可以直接用morpheus(https://software./morpheus/)展示:

也可以用graphpad自己绘制表达情况:

用origin8自己绘制:



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