|
连这些基础常识都拎不清，怎好意思在lncRNA圈social？ lncRNA之所以能风靡科研界，是因为其功能可直接媲美功能蛋白，细胞内处处可见其身影，可参与调节胞内多个生物过程，几乎可以说是“保罗万象、无所不能”。但就现阶段而言，lncRNA研究还处于初级阶段，前路漫漫，还有许多需要探索。 不过，既然上周已有酸菜所讲解的lncRNA研究套路打底，那么为了让大家跟lncRNA更加愉快的玩耍，《lncRNA研究套路》课程第二章则会以lncRNA作用模式、明星通路以及基础实验来拆解范例文章的数据研究结果，深入理解文章说理逻辑。 01 正所谓，知己知彼，百战不殆。首先，就要先了解lncRNA的常见调控模式。 就调控层次而言，lncRNA的功能横跨基因水平、转录水平、转录后水平、翻译水平和翻译后水平5个层次。 而从分子作用模式来看，主要可分为调控下游基因转录 （Signal）、分子阻断剂（Decoy）、lncRNA与蛋白结合（Guide）和中心平台（Scaffold）4个模式。 1. Signal-信号 2.Decoy-诱饵 3.Gudie-引导 4.Scaffold-支架 以上4种作用模式是相互关联的，而非相互排斥的，所以千万不要孤立且割裂的看待每一种作用模式，否则研究的视野会受到局限，不利于更好地研究lncRNA的功能及其作用机制。 02 明星信号通路是机制研究不可或缺的组成部分，深刻理解明星信号通路是读懂文章论述逻辑的关键。 本节内容则聚焦了参考文献中的MAPK、P38、ERK信号通路，同时也详细介绍了DUSP1去磷酸化JNK和p38过程以及DUSP6去磷酸化ERK过程。 1）MAPK信号通路是细胞内一条非常重要的通路，参与了广泛的细胞生物学作用，并介导了多种生理和病理功能，是以下四条并行信号通路的总称。 2）p38分子毫无疑问是MAPK信号通路的核心，有磷酸化和去磷酸化两种形式，当p38被MKK磷酸化后可活化效应蛋白如CREB蛋白等，进而激活下游信号通路。 而MKP（如DUSP1）则可负向调控p38，使其去磷酸化。当DUSP1被敲除时，p38和JNK蛋白的活性会显著增强。 3）ERK信号通路与p38信号通路相似，也受到磷酸激酶（MEK）和磷酸酶（MKP）的正向和反向调控。 在磷酸酶中，MKP3/DUSP6可使ERK蛋白去磷酸化，以抑制下游信号通路的信号转导。 03 由于了解实验原理是读懂文章实验结果的重要前提，本节课程会细述参考文献中所涉及3种RNA相关实验方法包括：RNA-seq技术、RNA pull-down、RNA immunoprecipitation以及2种常见的实验技术：原位杂交技术（ISH/FISH）、组织芯片（Tissue array），介绍相应实验的原理后，分析实验的优缺点，比较其与其他实验技术的优势和劣势。
04 基于上述基础背景知识，本节课程中首先会通过详解作者前期工作，来说明文章科学假设的来源。其中，研究者发现癌变细胞中p38失去了对ERK信号通路的负向调控作用，从而增加细胞增殖能力。
同时课程也会结合文献中的实验结果，探讨每个实验结果之间的逻辑关系，推导相应实验结论，理清文章说理思路。
最后总结文章的亮点和不足之处，指出文章论述可进一步提高之处。
|
|
|
来自： Jennymgozseons > 《LncRNA》
