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2012年以来，lncRNA的研究持续火热，但是发表的文章大多平平，相信这也是小伙伴们的最担忧的吧，花了大量时间和精力，结果只能发表一篇反响平平的文章。不过不要担心，小编阅览文献，发现了高分文章的秘密——转录因子相关的分析必不可少！这样的文章老多了，找几个典型的，一起来看下吧。 Oncogenic properties of NEAT1 in prostate cancer cells depend on the CDC5L-AGRN transcriptional regulation circuit 期刊：Cancer Research 发表时间：2018.06 IF:9.122 研 究 背 景 NEAT1被广泛报道参与调节包括细胞增殖、DNA损伤、癌细胞转移等多种癌症相关的细胞活动。NEAT1与多个蛋白结合形成RNA-蛋白复合体 (paraspeckle)，在转录水平和转录后水平调节基因的表达。本研究通过RNA-seq、ChIP-seq等实验手段，确定了NEAT1是CRPC细胞增殖和肿瘤发生的关键因子，揭示了NEAT1引发前列腺癌的机制—NEAT1-CDC5L-AGRN调节通路模型。 材 料 方 法 实验材料：细胞系PC3、DU145 实验方法：RNA-seq、ChIP-seq 研 究 思 路 图1 NEAT1-CDC5L-AGRN调节通路的作用模型 The NANCI–Nkx2.1 gene duplex buffers Nkx2.1 expression to maintain lung development and homeostasis 期刊：Genes & Development 发表时间：2017.05 IF: 9.413 研 究 背 景 转录因子Nkx2.1是维持哺乳动物肺发育和稳态的主要调节因子，突变后会造成肺发育异常和功能异常。本研究通过RNA-seq、MS、ChIP：PCR等实验方法，揭示了NANCI–Nkx2.1 gene duplex在肺发育和稳态调节中的作用机制——Nkx2.1 直接抑制NANCI (Nkx2.1 associated lncRNA) 的表达，NANCI却能促进Nkx2.1的转录。NANCI突变后并不会造成肺功能缺陷，破坏NANCI–Nkx2.1 gene duplex会造成组织损伤和功能退化。 材 料 方 法 实验材料：野生型、NANCIcreERT2:RFP/creERT2:RFP、 Nkx2.1GFP/+小鼠肺上皮细胞 实验方法：RNA-seq、MS 研 究 思 路 图2 NANCI–Nkx2.1 gene duplex功能研究 Linc-YY1 promotes myogenic differentiation and muscle regeneration through an interaction with the transcription factor YY1 期刊：Nature Communications 发表时间：2015.12 IF：12.124 研 究 背 景 骨骼肌的发育和受损肌肉纤维的再生依赖于肌源性干细胞 (muscle stem cells, SC) 的增殖和分化。多个转录因子参与了其分化调节，YY1就是其中之一。本研究通过RNA-seq、ChIP-seq等手段，揭示了Linc-YY1促进肌肉再生的机制。Linc-YY1来源于YY1编码基因的上游启动子区域，其表达受到MyoD的调节。Linc-YY1能够与YY1结合，阻止YY1/PRC2与靶基因启动子的结合，解除其抑制效应，来激活目标基因的表达。 材 料 方 法 实验材料：Mouse C2C12 MBs、Human skeletal MBs 实验方法：RNA-seq、ChIP-seq 研 究 思 路 图3 Linc-YY1的作用机制模式图 看到这里，小伙伴们有没有很开心呢。高分lncRNA文章的套路，终于get到啦。可是转眼又发愁了：lncRNA-seq鉴定出了成百上千个lncRNA，一个个去做验证，这不是大海捞针吗？不要愁，小编早有准备—— 诺禾lncRNA分析重磅更新！ 更新的重点就在转录因子相关分析！ 常规lncRNA分析中目标lncRNA的筛选只能通过其靶基因的功能注释来进行，虽然是经典的方法，但是很多时候筛选出来的结果覆盖度还是很大，大大增加了实验验证的难度。 另外，常规lncRNA分析中鉴定出的SNP散落于整个基因组上，要筛选出与表型差异相关的SNP，简直是难于上青天。 诺禾本次lncRNA分析升级——新增了转录因子结合位点 (Transcription Factor Binding Site,TFBS)预测，能有效地解决这个问题！ TFBS预测分析会对转录本 (包含lncRNA、mRNA) 启动子区域的TFBS进行预测，还会对TFBS区域进行SNP分析和注释，更会对预测到的转录因子 (Transcription Factor, TF) 进行功能注释。
图4 TFBS预测示意图 升级的结果就是——不用通过ChIP等复杂实验就能得到与差异转录本相关的转录因子的信息，还能帮助您从海量SNP位点中筛选与差异转录本TF相关的SNP位点。 相信更新之后筛选目标LncRNA/mRNA会容易很多，后期实验验证工作量也会大大减小。想必小伙伴们已经跃跃欲试了吧~ |
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