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lncRNAMap Long non-coding RNA (lncRNA) is in general considered as non-protein coding transcript with more than 200 bp in length.The binding of lncRNA to miRNA results in the miRNA silencing (5).First, we identify the lncRNAs and provide the expression profiles for lncRNAs and their homologous protein-coding g...
作者用了几个别人家的测序数据,包括睾丸、精子、卵母细胞、2细胞状态的胚胎等细胞测序数据,做生信分析,筛选了几条lncRNA,而其中lncRNA Cyrano在睾丸、卵母细胞以及受精卵中高度保守且高表达状态。LncRNA Cyrano的测序数据、成熟体以及未成熟转录本在睾丸、卵母细胞、2细胞受精卵中的验证,表明LncRNA Cyrano在父母本遗传细胞中都存在(受精...
移花接木,lncRNA结合蛋白的套路解析。12)lncRNA还能调节蛋白的细胞定位,进而影响蛋白的功能。通常lncRNA作用机制的基本模式有两种:1)跟RNA交互以ceRNA为主流,2)找lncRNA的互作蛋白,一般lncRNA可以结合转录因子调控下游靶基因的启动子,构成RNA-蛋白-DNA的三元结合。Omics可用于预测某一个lncRNA的结合蛋白,或者某一个蛋白的结合lncRNA...
lncRNA介绍专题:lncRNA与癌症。长非编码RNA(lncRNA)是一类长度长于200个核苷酸且没有蛋白质编码能力的RNA,其长度也是区分lncRNA和小调节RNA(如miRNA、siRNA和shRNA)的重要特征。而这些研究也已经证实了一些lncRNA与多种肿瘤的不良预后有关,而另一些lncRNA因其与肿瘤的临床相关性而为了生物标志物(biomaker),还有一些lncRNA在多种人类...
LncRNA高分文章套路,不来了解一下吗。本研究通过RNA-seq、ChIP-seq等实验手段,确定了NEAT1是CRPC细胞增殖和肿瘤发生的关键因子,揭示了NEAT1引发前列腺癌的机制—NEAT1-CDC5L-AGRN调节通路模型。本研究通过RNA-seq、MS、ChIP:PCR等实验方法,揭示了NANCI–Nkx2.1 gene duplex在肺发育和稳态调节中的作用机制——Nkx2.1 直接抑制NANCI (Nkx2....
同为正向调控下游基因,本文作者研究的机制不是ceRNA机制,而是LncRNA抑制下游基因的泛素化降解,从而正向调控下游基因。到这里,就可以排除ceRNA机制了,因为ceRNA机制是mRNA水平上的变化。RNA pull-down实验进一步证明了SNHG15与Slug蛋白间的相互作用,所以作者考虑SNHG15可能调控Slug蛋白的降解,实验结果表明SNHG15能够抑制BTRC(E3泛素连接...
根据lncRNA在基因组上与附近mRNA的位置关系, lncRNA可以分为以下五种类型:细胞内除mRNA之外,还存在另外一些RNA分子,比如长链非编码RNA(lncRNA)也存在miRNA应答元件(MRE),当lncRNA与mRNA存在相同的MRE时,他们之间构成了竞争相同种类miRNA的关系,换句话说,细胞内lncRNA表达水平的高低,直接影响了可被相应mRNA结合的miRNA数量的多少...
研究者并没有直接通过RNA pulldown技术来寻找与EPIC1互作的蛋白质,而是对敲低EPIC1的细胞系进行了测序,通过RNA-seq的聚类分析,发现MYC的下游基因发生了显著的变化,并且qPCR也验证了这一点。通过对EPIC1和MYC的分段克隆和RNA pulldown,研究者发现EPIC1主要通过它的129-283nt的序列与MYC的148-220氨基酸序列结合。而EPIC1可以影响MYC下游基...
lncRNA研究的套路综述。显然存在某种机制阻断了IKK磷酸化对下游NF-κB的激活作用,而为了探究该过程是否与某些特殊lncRNA有关,研究者在以lncRNA芯片对乳腺癌细胞进行高通量筛选后,获得了一条由NF-kB信号通路诱导的定位于胞浆的lncRNA——NKILA(2570nt),并证实了它确能通过遮蔽IκB磷酸化修饰位点,阻遏由IKK诱导的IκB磷酸化作用,从而抑...
lncRNA是如何搭上癌症的,看完这篇就懂了。lncRNA在癌症中的作用可谓不容小觑,包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期调控、对microRNA的调控、参与信号转导通路和介导激素导致的癌症。长非编码RNA(lncRNAs)在癌症中的生物学功能,包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期控制,对microRNA的调控,参与信号转导途径,介导激素导致的癌症等。PCAT-1 l...
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