RNA-seq是什么？
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RNA-seq是什么？ RNA-seq即转录组（transcriptome）测序技术， 是用高通量测序技术对所有转录本进行序列分析，从而反映出它们表达水平的一种技术。 所谓转录组是指特定组织或者细胞在某一发育阶段或功能状态下,转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA及非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）。转录组研究是解读基因功能、结构及疾病发生分子机理的重要基础，已广泛应用于基础研究和药物研发等领域。 Tips 近年来，对于ncRNA的研究越来越多，这也大大提高了大家对RNA家族的认识。ncRNA即不编码蛋白质的RNA，包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等多种已知功能的RNA，还包括未知功能的RNA。这些RNA的共同特点是都从基因组上转录而来，但是不翻译成蛋白质，在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能，如细胞内信号传导和基因表达调控等。 RNA-seq的原理是什么？ 通常，我们接触较多的是DNA测序，其实RNA-seq技术的基本原理与高通量DNA测序技术是一样的，只是测序前，需要把RNA逆转录成cDNA，然后再进行测序，最后进行序列比对，从而获得来自不同基因的RNA片段在特定样本中的含量。其基本原理如下图。 RNA-seq的简要流程图 RNA-seq有什么特点呢？ 首先，比较突出的一个特点就是RNA-seq可以揭示未知的转录本、融合基因和遗传多态性，这些是芯片无法做到的。RNA-seq无需预先设计特异性探针，因此，无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析;而芯片是固定的探针集，只能检出明确的已知目标。 其次，RNA-seq检测的RNA丰度范围会比较宽，相比芯片而言，对高丰度和低丰度转录本的检测可能会有更好的表现。但这需要在测序深度足够深的情况下，才能达到预期。然而深度又会直接影响测序成本，因此，RNA-seq的这个优势能否很好的发挥，还是需要思考的。 最后，虽然RNA-seq能到得到很丰富的信息，但数据的处理并不简单，对于非专业的人来说是更是比较困难的一件事。相比较来说，芯片分析软件相对成熟，对于使用者来说，数据也更易解读。 由此看来，RNA-seq和芯片孰优孰劣其实并不好评判，任何技术的存在都是有一定道理的.根据实验目的选择合适的技术为我们所用，才能更好的达到研究目的吧。 |
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