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细菌耐冷机制文献整理

 微笑如酒 2018-08-08

以下主要从细菌耐冷机制的几个方面进行整理:1 膜的流动性,2 胁迫调控因子(rpos 或其他),3 冷胁迫响应的相关基因(冷激蛋白,热激蛋白,冰结合蛋白等),4  细胞物质(甜菜碱,甘油,海藻糖等)。


1

 膜的流动性


温度下降时,膜流动性降低, 从而影响膜及细胞的正常生理功能。但低温微生物通过膜脂组成来调节膜的流动性。


 如提高不饱和脂肪酸比例, 缩短脂肪酸链平均链长, 增加甲基分支、顺式脂肪酸比例和羟基脂肪酸,减少环状脂肪酸的比例等, 以防止细胞膜从液晶态(liquid crystalline)转变到凝胶态(gelphase),从而维持膜的流动性。


参考文献:


Casanueva A, Tuffin M, Cary C,Cowan DA. Molecular adaptations to psychrophily: the impact of ‘omic’technologies. Trends in Microbiology, 2010(18) 374–381.


2

胁迫调控因子(rpos 或其他)


胁迫应答因子Rpos


Rpos是一般细菌胁迫反应的主要调控因子,其是细菌RNA聚合酶的一种σ亚基。σ亚基指导RNA聚合酶识别不同的启动子,从而调节基因的表达。当细胞进入胁迫条件时,细胞内Rpos的数量急剧增加,此时RNA聚合酶依靠Rpos识别启动子,促进胁迫条件下生存所必须基因的转录。


可以诱导Rpos表达的胁迫条件包括碳源和氮源饥饿,渗透压升高,低pH、热激过程,温度升高或低温等等,在细菌体内,大量环境和细胞内信号参与Rpos的调控,这些调控可以发生在转录和翻译水平,降解过程,以及活性调节方面。



参考文献


1、吴晨紫、杨志伟 细菌对胁迫应答因子RpoS的调控 生物技术通报 2010(12):50-55.

2、R Henggearonis. Signal Transduction and Regulatory Mechanisms Involved in Control of the σS (RpoS) Subunit of RNA Polymerase. Microbiologyand molecular biology reviews : MMBR , 2002 , 66 (3) :373

3、Y Wang , KS Kim. Effect of rpoS mutations onstress-resistance and invasion of brain microvascular endothelial cells in Escherichia coli K1 《Fems Microbiology Letters》 , 2000 , 182 (2) :241-247.


3

冷胁迫响应的相关基因

3-1 冷适应基因


DEAD-box RNA解旋酶基因(deaD)是古菌中第一个被广泛研究的冷适应基因。这个蛋白可能参与细胞内异常蛋白的降解。


参考文献:


Dong XZ, Chen ZJ(2012) Psychrotolerant methanogenic archaea: diversity and cold adaptationmechanisms. Science China-Life Sciences, 55, 415–421.


3-2 冷激蛋白


冷激蛋白参与各种代谢过程,如转录、翻译、蛋白质折叠及细胞膜流动性调控等(Phadtare, 2004)。E.coli和Bacillussubtilis是研究冷激反应和冷激蛋白的模式细菌。E.coli 的冷激蛋白包括类群I:CspA、CspB、CspG、CspI、CsdA、RbfA、NusA、PNP和类群II: RecA、IF-2、H-NS、GyrA、Hsc66、HscB等。


CSPs 有一个复杂的表达调控机制, 大部分CSPs 都存在基因转录、mRNA 稳定性和翻译水平三个层面上的表达调控。研究证明, E.coli 的CspA 启动子-35区包含一个25 bp的富含AT 的上游序列。


其在冷激条件下的表达上调可能跟其启动子的结构有关。而目前普遍认为其功能是作为RNA 分子伴侣与RNA 结合起到稳定mRNA 的作用促进翻译顺利进行。


CspA、CspC 和CspE 有消除RNA 二级结构的作用可能具有抗终止子的作用。CspB 的存在则能够阻止mRNA 二级结构的形成使翻译顺利进行。另外,E.coli 在稳定期和营养缺乏时才产生CspD。


参考文献:


1、Phadtare S (2004) Recent developments in bacterial cold-shock response. Current Issuesin Molecular Biology, 6, 125–136

2、Uppal S. Cyclic AMP receptor protein (CRP) regulates the expression of CspA CspB CspGand CspI members of CspA family in E .coli.2015 197(3):497-501.

3、金 鑫等.细菌冷激蛋白研究进展.2016

4、郭建军,龚兴国.冷激蛋白的研究进展.2002


3-3 热激蛋白


热激蛋白(heat shockproteins, Hsps)不仅在细菌的热激反应, 而且在冷激反应中也发挥作用, 这是因为许多Hsps是分子伴侣, 在遇到低温及其他压力时同样可被诱导。


Escherichiacoli在冷激时产生热激蛋白Hsp70的同系物Hsc66。在结果中也找到了一系列热激蛋白和分子伴侣(hscA、hscB、hscC、hspQ),其中hscA和hscB都在低温下表现出表达上调。


参考文献:


1、Chattopadhyay MK (2006) Mechanism of bacterial adaptation to low temperature. Journal ofBioscience and Bioengineering,31, 157–165.

2、Kawahara H, Koda N, Oshio M, Obata H (2000) A cold acclimation protein with refoldingactivity on frozen denatured enzymes. Bioscience, Biotechnology &Biochemistry, 64,2668–2674.


3-4 冰结合蛋白


冰结合蛋白(ice-binding protein, IBP),它可以改变冰生长的形态, 抑制冰的重结晶。


在结果中也找到了两个IBP蛋白,分别是ibpA和ibpB,但这两个蛋白在低温下下调表达,这其中的原因还需要探讨。

参考文献


1、Raymond JA, Fritsen C, Shen K (2007) An ice-binding protein from an Antarctic sea icebacterium. FEMS Microbiology Ecology,61, 214–221.

2、Raymond JA, Christner BC, Schuster SC (2008) A bacterial ice-binding protein from theVostok ice core. Extremophiles,12,713–717.


4

 细胞物质(甜菜碱,甘油,海藻糖等)


甘氨酸、甜菜碱、甘油、海藻糖、甘露醇和山梨醇等,可在细胞质内积累到很高浓度,而不干扰细胞的活动,并保护细胞免受低温、高温、干燥等的损害。


4-1海藻糖


海藻糖在细胞中的主要功能是一种典型的细胞应急代谢物,在细胞处于应激时体内可大量合成,常态下又迅速降解。如,活性的干酵母和蛙类等生物都能在干燥或冷冻条件下生存下来。


这些现象被认为是海藻糖在冻结、干燥、高渗透压等严酷的环境下,对生物体膜、膜蛋白等发挥保护功能,还报道它可保护DNA防止放射线引起的损伤。


大量研究结果表明海藻糖对生物体这种保护作用,主要是由于它可以非特异性地稳定细胞内生物膜、蛋白质和核酸等生物大分子的结构。海藻糖合成通路中的相关基因,otsA,otsB都在低温下呈现上调。


参考文献:


1、海藻糖及真菌海藻糖酶的研究现状与展望.冷亚君.2009

2、耐冷菌的适冷机制及其在污水处理中的应用.严凯.2010


4-2甜菜碱


甜菜碱转运蛋白OpuA、OpuC在低温下表达量上升,这可能与低温下细菌将甜菜碱摄入细胞,或者与甜菜碱合成上升有关,从而实现低温的保护作用。


另外,一个甜菜碱合成过程中重要的酶:甜菜碱醛脱氢酶betB,在低温下也有上升的趋势。

参考文献:


1、Hoffmann T, Bremer E (2011) Protection of Bacillus subtilis against cold stress viacompatible-solute acquisition. Journal of Bacteriology, 193, 1552–1562.                               

2、甜菜碱醛脱氢酶在抗逆境植物种质资源鉴定中的作用. 王凤德等 2006  

3、甜菜碱醛脱氢酶基因在大肠杆菌中的表达、纯化及功能性鉴定   黄卓等.《吉林农业大学学报》,2013 , 35 (5):547-551


今天的内容就到这里啦~



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