转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则
对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构。HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋
白基因;但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA。 “名字唯一性”这条原则很重要,不能违反。它能让我们在研究分析某个基因时不会产生问题(不会发生这种事情:一条基因几个名字,存在重名的基 因等)。另一方面,上述问题也不利于HGNC对命名规则的管理及维护。如果一个作者发布一个lncRNA名字,而它已经在别的地方使用过,HGNC将会指 定一个新的名字供选择。例如,一个新的lncRNA,它的功能是维持上皮细胞在非分化状态,本来打算命名为ANCR,但是这个名字已经被使用于“快乐木偶 综合症染色体区,Angelman syndrome chromosome region”,所以与作者达成一致,用DANCR来命名这个lncRNA“ differentiation antagonizing non-protein coding RNA”.
lncRNA的名字应是描述基因的缩写
每条lncRNA的标识都应是一个描述该基因的“缩写”或者“首字母简写”。 例如BANCR就是由‘BRAF-activated non-protein coding RNA’短语的首字母排列而成。这样让人们容易理解名字的含义。 lncRNA的名字应仅由拉丁字母和阿拉伯数字组成 每条lncRNA的标识中不应出现标点符号,但可以用字母或者数字来代替标点符号。 连字符仅在特殊场合使用。例如:反义编码蛋白基因可在标识中加连字符(BACE1-AS就是BACE1 antisense RNA的名字)。 lncRNA的名字中的字母应为大写 为了与其它种类物种的基因区别开来(如啮齿动物基因的标识只要求首字母大写,其余小写),人类基因标识中的字母都应为大写。 例如“热气”(HOTAIR)基因,在人类中叫HOTAIR,而在老鼠中写成Hotair。 lncRNA的名字中不应涉及具体的物种类型 例如:如果基因名字中有H/h(代表人类),由于牵涉到同源基因的问题,就会造成一些疑惑和误导。 lncRNA的标识应避免采用一些常用的词汇 基因的名字中出现的常用词汇会带来一些混乱,给分析研究带来很多问题,因此,在命名中应避免出现常见词汇。 例如:“AIRN”基因最初公布时叫‘AIR’,从公共数据库中搜索可得到22万条不相关的信息,而搜索“AIRN”则只有10条信息。可见“AIRN”的搜索效率有效得多。同样的例子很多。 lncRNA的标识应尽可能的反映其功能 例如:'XIST'基因是'X (inactive)-specific transcript'的缩写,该基因的作用是参与沉默一对X染色体的转录。 命名的时候尽量反映基因通常的功能,而不体现其突变表型。基因的命名应简洁明了,不应包含太多信息。
目前,一些数量较少的转录假基因被发现具有功能性,例如PTENP1基因就与“PTEN-targeting”miRNA结合一起参与调节PTEN的表达水平。 具有功能的转录假基因在命名时应保留它们的假基因名称,并且不应改变其基于功能的名称。为了方便搜索,这个功能应加在标识的最后。PTENP1的命名就是这方面的例子。PTENP1 是‘phosphatase and tensin homolog pseudogene 1 (functional)’. 如何命名未知功能的基因应遵循如下要求 未知功能的lncRNA应依据基因组上下文来命名,图一中给出如何系统化的命名的规则。 图一
如果有一个很接近的蛋白编码基因,lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始,然后制定以后后缀,这个后缀可以下方式分类: 反义
(antisense,AS),BACE1-AS;
内含子(intronic,IT),例如,SPRY4-IT1;
重叠
(overlapping,OT),例如,OSX2-OT;
长链基因间lncRNA(Long
intergenic
lncRNAs,lincRNAs),以LINC为前缀,数字为后缀,例如LINC00485.
本质上以上命名原则是以GNECODE的注释目录为基准,
反义RNA,正义内含子,正义重叠和长链基因间非编码RNA(lincRNA).一些新的分类方法也应该考虑,特别对这些lnRNA,它们与编码基因是头
碰头(head
to head),因此推断它们拥有双向启动子,HGNC推荐命名这些lncRNA为反义上游(Antisense
upstream,AU),例如,GENE2-AU1。大家也应该注意到HGNC并不赞成以剪接变异体来命名,所以两个剪接变异体命名是以其中一个
lncRNA基因来命名,例如,GENE2-AS1;如果一个lncRNA基因编码的转录本跨多于一个蛋白编码基因,用lncRNA的5’末端的第一个蛋
白编码基因来命名,例如GENE-AS2
上述命名的基本架构适用于大多数lncRNA,但对于基因密集区域的lncRNA可能就不适用了,这种情况下,你应该与HGNC沟通来解决。 HGNC致力于让人类基因组中lncRNA的命名有效、规范。想了解更多相关内容请访问 http://www./rna/LNCRNA,也可以给HGNC发邮件hgnc@ |
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