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对于人类基因命名标准的制定而言，雨果基因命名委员会（HGNC）是唯一官方授权的机构。就像编码蛋白基因一样，长链非编码RNA也是尽量基于产物的已知功能来命名。为了帮助科研人员能有效地命名lncRNA，让它们的命名更规范，名字更能反映功能，HGNC制作了一个命名指导指南，供科研人员参考。
lncRNA 命名指导标准
一条lncRNA要命名得合理准确，有一些原则需要去遵循，详细的命名原则如下：
每一条lncRNA的名字应具有唯一性
不会发生这种事情：一条基因几个名字，存在重名的基因等。如果一个作者发布一个lncRNA名字，而它已经在别的地方使用过，HGNC将会指定一个新的名字供选择。例如，一个新的lncRNA，它的功能是维持上皮细胞在非分化状态，本来打算命名为ANCR，但是这个名字已经被使用于“快乐木偶综合症染色体区，Angelman syndrome chromosome region”，所以与作者达成一致，用DANCR来命名这个lncRNA“differentiation antagonizing non-protein coding RNA”.
lncRNA的名字应是描述基因的缩写
每条lncRNA的标识都应是一个描述该基因的“缩写”或者“首字母简写”。例如BANCR就是由‘BRAF-activatednon-protein coding RNA’短语的首字母排列而成。这样让人们容易理解名字的含义。
lncRNA的名字应仅由拉丁字母和阿拉伯数字组成
每条lncRNA的标识中不应出现标点符号，但可以用字母或者数字来代替标点符号。连字符仅在特殊场合使用。例如：反义编码蛋白基因可在标识中加连字符（BACE1-AS就是BACE1 antisense RNA的名字）。
lncRNA的名字中的字母应为大写
为了与其它种类物种的基因区别开来（如啮齿动物基因的标识只要求首字母大写，其余小写），人类基因标识中的字母都应为大写。例如HOTAIR基因，在人类中叫HOTAIR，而在老鼠中写成Hotair。
lncRNA的名字中不应涉及具体的物种类型
例如：如果基因名字中有H/h（代表人类），由于牵涉到同源基因的问题，就会造成一些疑惑和误导。
lncRNA的标识应避免采用一些常用的词汇
基因的名字中出现的常用词汇会带来一些混乱，给分析研究带来很多问题，因此，在命名中应避免出现常见词汇。例如：“AIRN”基因最初公布时叫‘AIR’，从公共数据库中搜索可得到22万条不相关的信息，而搜索“AIRN”则只有10条信息。
lncRNA的标识应尽可能的反映其功能
例如：“XIST”基因是“X (inactive)-specific transcript”的缩写，该基因的作用是参与沉默一对X染色体的转录。命名的时候尽量反映基因通常的功能，而不体现其突变表型。基因的命名应简洁明了，不应包含太多信息。
功能性转录假基因应包含它们假基因的名字
目前，一些数量较少的转录假基因被发现具有功能性，例如PTENP1基因就与“PTEN-targeting”miRNA结合一起参与调节PTEN的表达水平。具有功能的转录假基因在命名时应保留它们的假基因名称，并且不应改变其基于功能的名称。为了方便搜索，这个功能应加在标识的最后。PTENP1的命名就是这方面的例子。PTENP1 是“phosphatase and tensin homolog pseudogene 1 (functional)”.
如何命名未知功能的基因应遵循如下要求
未知功能的lncRNA应依据基因组上下文来命名。如果有一个很接近的蛋白编码基因，lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始，加后缀，这个后缀可以按下方式分类：反义（antisense,AS）,BACE1-AS;内含子(intronic,IT）,例如，SPRY4-IT1;重叠（overlapping,OT）,例如，OSX2-OT;一些新的分类方法也应该考虑，特别对这些lncRNA，它们与编码基因是头碰头(head to head),因此推断它们拥有双向启动子，HGNC推荐命名这些lncRNA为反义上游（Antisense upstream,AU）,例如，GENE2-AU1。
大家也应该注意到HGNC并不赞成以剪接变异体来命名，所以两个剪接变异体命名是以其中一个lncRNA基因来命名，例如GENE2-AS1；如果一个lncRNA基因编码的转录本跨多于一个蛋白编码基因，用lncRNA的5’末端的第一个蛋白编码基因来命名，例如GENE-AS2上述命名的基本架构适用于大多数lncRNA，但对于基因密集区域的lncRNA可能就不适用了，这种情况下，你应该与HGNC沟通来解决。
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