【生工技术】巧用SnapGene设计SNP位点的RFLP检测方案

在之前的推送中，经常能够看到SnapGene的影子，比如这样：

这样：

还有这样：

可见小编对于SnapGene是多么喜爱。小编对与这个软件的评价是：

不仅功能好，颜值还那么高~

对于初次接触SnapGene软件的小伙伴，推荐大家看一下“易科学”官方微信推送

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工具 | 详解Snapgene---分子克隆之利器！用过都说好！（文末附资料包）

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通过这篇文章，能够对SnapGene软件的功能和用法做一个初步了解。同时，也向大家推荐一下“易科学”，一个有爱的公共科研服务平台。

下面进入正文，介绍一下如何利用SnapGene设计SNP位点的RFLP检测方案：

RFLP是指DNA片段的限制性酶切片段多态性，SNP的RFLP检测流程如下：

1. 选择合适的限制性内切酶，该酶能够特异性识别SNP位点的碱基种类，当SNP位点碱基变化时，能够使该酶失去原有的识别位点；

2. 设计扩增引物，将包含SNP位点的一段DNA扩增下来，且保证其中只有一个该酶的识别位点；

3. 使用限制性内切酶对产物进行酶切、电泳，通过产物带型来确定SNP的碱基种类。

   
   

因此，该方案的核心有两个：限制性内切酶的选择及扩增引物的设计。

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/ 限制性内切酶的选择 /

由于SNP位点出现的随机性，很难一眼就看出该序列位于什么酶的识别位点，而使用SnapGene软件，就非常容易了。

举个例子，检测RS2267668 [A/G]多态性：

【1】将SNP位点分别设置为A和G，得到两条序列，将序列都放入SnapGene，开启左上角酶切位点按钮，建议最初选择所有的（All Commercial）

【2】 对比两者，发现当SNP位点碱基为G时，多出一个酶切位点：Hpy188I。这就意味着，可以使用该酶进行该SNP位点基因型的检测。

限制性内切酶选择结束，简单而高效~

替代方案：

使用WatCut，将序列粘贴进去，采用以下格式：

点击提交序列，在结果中就能看到适合检测该位置的酶：

/ 设计扩增引物 /

从序列的酶切位点分布看，这个酶有四个识别位点：

本着RFLP的引物设计原则，应该保证扩增产物中只有一个识别位点，因此可以在上述蓝色方框范围内进行引物设计，使产物长度为200~1000bp，且酶切位点左右序列长度差异＞100 bp以保证电泳带型明显。

引物设计好之后，将F/R引物的扩增产物新建一个SnapGene文件，准备进行PCR电泳预测：

点击“Tool”标签栏中的“模拟DNA电泳”，弹出新的页面，其中：

• 点击电泳图中的MW，选择需要用到的Marker：

• 点击泳道1，选择使用F和R引物扩增该条带：

• 点击泳道2，选择使用Hpy188I酶切扩增条带：

• 最后调整一下胶浓度和电泳时间，就得到了完美的模拟电泳条带图，以他为目标，放手去做吧！

今天的技术内容就到这里，下课~