IDSA/ASM感染性疾病诊断微生物学实验室应用指南

伟大周 2018-08-28

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IDSA（美国感染性疾病学会）和ASM（美国微生物学学会）不久前，发布了《感染性疾病诊断微生物学实验室应用指南：2018年IDSA/ASM更新》，这是在2013年版本的基础上的更新版。

该指南特点是依据感染部位，而不是标本种类，分成十五个章节。对不同系统的感染性疾病可能的致病微生物、对应的检测项目、应送检标本种类，以及标本正确的采集和运送、储存的要求，进行了描述，并汇总成表格。适用于临床医护和实验室人员。

SIFIC循证团队对这一指南做了全文翻译，本期推出每一部分的实验室诊断要点。指南全文，后续将陆续在本公众号推出。

翻译：史庆丰陈亚男张冰李薇李晔秦淮霞符文娟朱晓露梁丹燕赵丽华闫小娟彭威军云林张培金林佳冰陈翔孔懿

审核: 刘聚源石尚世李雷雷周艳芝孔懿李若洁周玲米徐娅娟徐子琴罗万军廖丹陈文森刘思远高晓东

引言和摘要

临床微生物检测需要综合分析判断，而且越来越复杂。

临床微生物检测结果是否准确完全取决于临床送检的标本质量，所以，标本质量管理至关重要。标本采集者必须明确医生送检目的，送检合格标本，才可以保证实验室结果准确。

▼标本转运基本原则

注：微生物实验室应提供临床标本正确采集、运输的操作规范和容器要求，比如正确选择合适的运输培养基，以保证检测结果准确。比如粪便标本应选用Cary-Blair培养基管，运输过程防杂菌污染；尿标本中加硼酸；结核分枝杆菌选用特殊容器，等等。按要求的时间采集、送检标本，检测结果更好，运送时间过长，则会影响结果质量。

十大要点

1.实验室应拒收质量不合格的标本。微生物实验室应负责任地致电临床，说明、协商解决标本送检的问题。

2.不是所有生长的微生物都有临床意义，不能强求实验室报告。不相干的信息会误导临床诊断和治疗。

3. 标本采集，应尽量避免正常菌群的污染。共生微生物可在身体的多个部位正常生长，采样不规范时，很容易污染标本。因此，采集来自下呼吸道（如痰液）、鼻窦、浅表伤口、瘘管等处的标本需要格外小心。

4. 实验室需要标本，而不是标本的拭子。活检组织，穿刺抽吸物和体液始终是首选的标本，尤其是手术过程中获得的。拭子不作为标本的首选，拭子粘取的标本体积极小（0.05mL）；而且细菌或真菌很难从拭子纤维脱离，接种到培养基上。而且一个拭子接种在几个琼脂平板时，通常接种量是不均匀的。来自鼻咽部的拭子主要用来诊断呼吸道病毒感染。采样拭子的选择对于标本的采集是至关重要的，植绒拭子已被证明比绝大多数涤纶、人造纤维丝以及棉签效果更好，植绒拭子能够更有效地释放标本用于检测。

5.实验室必须遵循操作手册，否则将面临法律责任。操作手册应有文献的支持，尤其是循证文献。如果要求实验室提供除操作手册以外的检测项目，我们都将面临法律风险。

6. 应在使用抗菌药物之前采集标本。一旦开始使用抗菌药物，菌群就会发生变化，并影响到病原体，从而导致错误的培养结果。

7. 药敏试验只针对有临床意义的菌株，而不是培养获得的所有微生物。

8. 微生物检测结果应该是准确的、重要的，临床相关的。

9.实验室应制定技术规范，但这却不是医务人员熟悉的领域。应通过良好沟通，相互尊重，促进协作，推进规范的执行。

10.标本标识，应准确、完整，才能保证结果判读可信。像“眼睛”和“伤口”之类简单标识，没有更具体的部位和临床信息（例如，被狗咬伤右手食指），对结果的解释丝毫没有帮助。

1血流感染和心血管系统感染

菌血症/真菌血症的实验室诊断要点：

血培养标本最重要的是采血量，而不是采集的时间。
成人和2个月以上的儿童使用葡萄糖酸氯己定（洗必泰）或2%碘酊消毒静脉穿刺部位，（不推荐小于2个月的婴儿使用洗必泰，可用聚维酮碘和酒精）
抗菌药物使用前采集血培养标本。
从导管中采集血培养标本的污染风险更高（假阳性）。
送导管尖端进行培养，须同时送检外周静脉穿刺的血培养标本。
血培养标本不要冷藏保存。
成人患者常规送检2～3套血培养瓶，至少包括一个需氧瓶和一个厌氧瓶；儿童常规送检1~2套需氧瓶，只有有临床相关指征时，才考虑同时送检厌氧培养。
肺炎链球菌、其它革兰氏阳性菌和兼性厌氧菌在厌氧瓶中生长最佳（检测时间最短）。

2中枢神经系统感染

中枢神经系统感染分类如下：脑膜炎、脑炎、脑实质局灶性感染、中枢神经系统分流感染、硬膜下积脓、硬膜外脓肿和化脓性颅内血栓性静脉炎。

中枢神经系统感染实验室诊断的关键点：

尽可能在开始抗菌药物治疗之前采集标本。
如果怀疑有细菌性脑膜炎，应该送检2到4个血培养标本。
如果有可能出现不常见的微生物（例如，诺卡氏菌，真菌，分枝杆菌），需要通知微生物实验室，必要时采取特殊检测程序。
脑脊液标本不要冷藏。
脑脊液试管应有2个或3个，而不是仅1个，应分别送细菌培养和分子检测。
尽可能多地采集标本（建议至少为1 mL）进行多项检测; 标本量少时，优先保证重要的检测项目。

3眼部感染

眼部感染可发生在眼周的解剖结构（结膜炎、睑缘炎、泪小管炎、泪囊炎、眼眶炎和眶周蜂窝织炎），眼表（角膜炎）或眼球内（眼内炎和葡萄膜炎/视网膜炎）。眼部感染的实验室诊断建议，通常基于仅对少量临床标本进行检查的研究，因此许多建议的证据基础有限。

眼部感染实验室诊断要点：

标本应标识准确的采集部位，如：结膜或角膜，而不仅仅是“眼睛”。
革兰染色有助于结膜炎的诊断，每只眼采集2个拭子比较合适；来自未感染眼的标本可作对照，有助于培养或染色结果的判读。
拭子是常规的采样方法，但采集的标本量少。可与实验室沟通可疑的病原体。角膜刮片是诊断角膜炎的首选。
来自眼部的正常菌群的微生物，通常不引起结膜炎；但在术后可能引起角膜炎和眼内炎。

4头颈部软组织感染

头颈部发生的各类腔隙、组织的感染可分为牙源性、口咽或外源性的感染。

头颈部软组织感染的实验室诊断要点：

不能选择拭子作为送检的标本。尽可能送检组织、液体或吸出物。
会厌炎时避免取拭子。
如果怀疑是厌氧菌，请使用厌氧转运容器。
在转运过程中保持组织标本湿润。

5上呼吸道细菌和真菌感染

上呼吸道感染通常会波及耳朵、鼻腔和咽喉上方粘膜和鼻窦。

上呼吸道感染实验室诊断要点：

对于中耳炎或鼻窦炎不建议采拭子。采集吸出物进行培养。
大多数中耳炎可通过临床诊断，无需培养结果即可治疗。
取咽喉部标本时，需要对喉咙和扁桃体部位严格彻底的取样，避开脸颊、牙龈和牙齿。
流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、脑膜炎奈瑟菌和肺炎链球菌不是引起急性咽炎的致病菌，喉部培养物无需鉴定或报告以上细菌。
鼻咽部培养结果并不能准确预测引起鼻窦炎的病原体。

6下呼吸道感染

本节描述了下呼吸道感染的主要病原体，以及诊断支气管炎和毛细支气管炎、社区获得性肺炎（CAP）、医院获得性肺炎（HAP）以及呼吸机相关肺炎（VAP）、胸膜腔感染、囊泡性纤维症患者支气管肺部感染和免疫力低下患者肺炎的微生物学检测方法。

下呼吸道感染实验室诊断要点：

对于呼吸道病毒的检测，核酸扩增实验（NAATs）广泛地替代了快速抗原检测和培养法。
对于苛养菌如百日咳杆菌的取样，采样前需要提前和实验室联系，获取特定的采样说明。
晨起咳出的第一份痰最适于细菌培养。
与痰培养同时进行血培养检测，通常会有帮助，特别对于高度疑诊CAP的患者。
在肺泡囊性纤维症患者中，导致肺部疾病恶化的病原菌范围已扩大，应考虑采集用于分枝杆菌和真菌检测的标本。
对于免疫力低下的宿主，建议采用侵袭性方法获得标本，进行多病原学方向的检测。
支气管镜检查中的洗脱物是儿童患者诊断的最优标本。

7胃肠道感染

本节讨论确立食道炎、胃肠炎和直肠炎病因诊断的实验室方法。

胃肠道感染实验室诊断的要点：

诊断腹泻的标本是腹泻大便，而不是成形的大便或拭子；但有一个例外，在儿科，当拭子上有可见的粪便时，拭子是可以接受的。
对艰难梭菌的毒素或核酸扩增试验应只采用腹泻大便标本，而不能采用成形的大便标本，除非医生说明患者有肠梗阻。

8腹腔感染

本节旨在优化微生物实验室的行为，以实现腹膜炎和腹腔脓肿、肝和脾脓肿、胰腺炎和胆道感染最佳的微生物识别方法。

腹腔内感染的实验室诊断要点：

实验室需要标本，而不是标本的拭子。必须采集足量的标本，以便微生物实验室能够执行所有必要的和所请求的测试。
脓肿检测，所选择的标本是内容物标本并尽可能加上脓肿壁标本。
由于中性粒细胞可能已经破坏了微生物入侵的形态学证据，因此单独使用脓液可能无法揭示致病的病原体。
虽然大多数分子检测具有极好的灵敏度，但结核分枝杆菌NAAT检测应该作为培养的辅助检测，不能单独申请进行这项检测。目前没有批准任何一项用于腹腔内标本的商业化的分子检测方法，所以实验室须已验证过他们使用的检测是有效的。
如果显示有结核分枝杆菌存在，通常是播散性疾病的标志，必须彻底调查。

9骨及关节的感染

包括骨髓炎、关节和滑囊炎以及假体感染。骨及关节感染的潜在致病因素多样，主要取决于感染性质、发病机制以及宿主因素，骨和关节感染病原体通常是单一的，但也可能是多种微生物的感染。

骨及关节感染的实验室诊断要点包括：

标本采集不推荐使用拭子，首选抽吸物和/或组织活检。
骨髓炎和关节感染部分病原体的鉴定，可以进行血培养，但不应常规用于关节假体感染的诊断。
关节液理想状态下应在血培养瓶中培养。
关节假体感染的诊断，应取3-4个独立的组织标本进行培养；植入假体的涡旋/超声裂解液也可用于检测生物膜中的病原体。
任何情况下，当人工关节感染致病菌怀疑有厌氧菌时，应使用厌氧容器将组织和液体运送到实验室，并进行厌氧培养。
一些骨及关节感染的病原体不可培养的或培养困难的，需要运用分子和/或血清学方法来鉴定。

10尿路感染

尿路感染章节包括诊断膀胱炎、肾盂肾炎、前列腺炎、附睾炎和睾丸炎的标本采集和实验室检测。

尿路感染的实验室诊断要点：

尿液在室温下放置不应超过30分钟。如果不能在30分钟内培养，则应放入冰箱内冷藏保存，或使用尿液运输装置(使用硼酸或其他防腐剂)。
是否在脓尿筛查阳性后，对尿液进行培养，因地区而异。
尿液标本培养出3种或3种以上细菌，通常提示尿液采集时有污染，结果的解释会有误差。
如果事先未与实验室沟通并明确判断标准，实验室应根据实验室操作手册，不对“所有生长的微生物”做判断。

11生殖器感染

生殖器感染分类如下：侵犯皮肤的生殖器病变、阴道炎和阴道病、尿道炎和宫颈炎、女性骨盆感染（包括子宫内膜炎和盆腔炎（PID））。

生殖器感染的实验室诊断要点：

对于阴道病（阴道菌群改变），革兰染色和新近可用的以微生物学为基础的检测比单独针对阴道嗜血杆菌的培养和探针测试（probe testing）更具特异性。
耐药念珠菌感染在复发性酵母外阴阴道炎患者中占到10％-15％。
大多数实验室使用反向梅毒筛查法。首先进行梅毒螺旋体特异性试验（EIA /化学发光免疫测定），再做非梅毒螺旋体试验（快速血浆反应素试验 [RPR]）进行确认。
对于女性中最常见的可治的性传播疾病（STI），同时检测沙眼衣原体（CT）、淋球菌（GC）和滴虫是最佳的选择。
高风险人群（如男同性恋（MSM））应该进行针对生殖器以外部位（直肠，口咽）的GC和CT的评估。
妊娠35-37周使用阴道和直肠拭子筛查B组链球菌；不需常规做B组链球菌易感性检测，除非患者青霉素过敏。
筛查HIV应在每次妊娠的第一次产前检查或孕早期、妊娠晚期进行，甚至在先前检测过HIV的孕妇和13-64岁性欲活跃需要进行STI检查的患者中也需要筛查HIV。
进行伴侣检测和/或治疗阳性患者以防止再感染。
与单独细胞学检查相比，高危型人乳头瘤病毒（hrHPV）联合细胞学共同检测可提高宫颈癌检出率。
高风险HPV和基因型有助于对> 30岁女性进行分类管理。
公认的新兴诊断新要点：

生殖支原体是引起男性非淋菌性尿道炎和女性宫颈炎、盆腔炎的原因之一。
男同性恋者（MSM）可通过性传播获得丙型肝炎病毒。
淋病奈瑟菌对抗菌药物的耐药性。

12皮肤和软组织感染

本节中皮肤感染包括皮肤和软组织，其分类如下：创伤相关、手术部位、烧伤、真菌、人和动物咬伤以及与器械相关。尽管大多数感染是由金黄色葡萄球菌和化脓性链球菌引起，但其他微生物（包括真菌和病毒）也很重要，并且需要适当的临床治疗。

皮肤和软组织感染实验室诊断的要点：

请勿单独使用“伤口”作为标识。应具体说明伤口的身体部位和类型（例如“人咬伤，指关节”）。
选择病变部位边缘的活检组织标本送检。仅脓液或粗略的表面拭子不合适，不能代表疾病过程。
不能要求实验室报告所有生长的微生物。

13虫媒传播的感染

虫媒传播感染性疾病的实验室诊断要点：

节肢动物传播的疾病可能难以诊断，因为感染早期症状和体征通常是非特异性的，包括发热，寒颤，疼痛和皮疹。
患者居住史，旅行史，近期暴露以及蜱叮咬的可能性非常重要。
血清学仍然是莱姆病确诊的最佳工具。
核算扩增检测（NAAT）是微粒孢子虫属，宫本疏螺旋体，巴贝斯虫属和埃立克体属急性感染的首选诊断方式。巴贝斯虫也可作显微镜下检查的诊断。
通常需要咨询微生物学实验室以确定标本接收类型，可用的诊断试验，实验室的地理位置以及结果所需周期。

14病毒综合征

本节对常用于诊断病毒感染的临床微生物实验室试验进行概述。将重点对检测HIV，EBV，CMV，VZV，HSV，人疱疹病毒6型（HHV-6），肠道病毒，呼吸道合胞病毒（RSV），流感病毒，腺病毒，淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒，BK病毒，JC病毒，甲型肝炎的检测E病毒，细小病毒（红细胞病毒）B19，麻疹，腮腺炎，风疹，狂犬病病毒，登革病毒，鼠疫病毒，流感病毒，人类偏肺病毒，西尼罗河病毒（和其他脑炎）和寨卡病毒的试验进行介绍。

病毒综合征实验室诊断的关键点：