跨地级行政区施工（下简称异地施工）需要在项目地预缴增值税，预缴的基数是不含税的总分包差，支付的分包款越多，总包单位预缴的增值税就越少。
另一方面，建筑企业的增值税应纳税额并不受预缴税款金额的影响，预缴多了，补缴的就少，预缴少了，补缴的就多，二者之和是一个常量。
这样看来，预缴税款的多少似乎不会对建筑企业造成实质性的影响，因而很多建筑企业没有对预缴增值税给予足够的重视。
实际上，这个问题还是有点门道的：
一是，根据2016年第17号公告的规定，该预缴不预缴，或者自应预缴之月起超过六个月未预缴的，由机构地主管税务机关予以处理。这是风险点。
二是，没有及时取得分包款发票，或者取得分包款发票不合规导致异地多预缴增值税，有可能会引起多缴纳个人所得税，进而影响损益。
跨省异地施工，项目地税务机关有可能按照「工资、薪金」所得，或「对企事业承包经营、承租经营所得」等税目核定征收建安企业个人所得税。
从具体操作上看，核定征收的基数与增值税预缴的基数一致，如果建安企业在异地多预缴增值税了，当期就要多缴纳个人所得税，而预征的个人所得税，机构地是不认的，无法予以抵减。
例 某工程项目不含增值税造价1000万元，分包工程不含税造价800万元，正常情况下，总包按照200万元预缴增值税和个人所得税，分包单位按照800万元预缴增值税和个人所得税。
如果总包单位一次性收款1000万元，未及时付款取得合规分包发票，预缴增值税和个人所得税的基数就是1000万元，分包单位后期收款后还要按照800万元预缴两税。
总包单位取得800万元发票时，由于工程款甲方已经支付完毕，这800万元的分包款无法在异地予以扣除，相当于多交了800万元对应的个人所得税。
三是，附加税（费）也有可能存在差异。城建税机构地和项目地税率有可能不一样，政府性基金种类也有可能不一样。如果预缴增值税操作不好，同样存在多交附加税的可能性。
