蛋白组学（一）：样品准备

这次我们介绍一下质谱样品的制备！

好的样品，是实验成功的首要条件，尤其是组学这类对样品要求极高的实验。

那么，我们要怎样采集处理样品呢？这里我们给大家列举了质谱检测中几种常见的样品准备方式

动物组织

1. 选取新鲜组织，剔除无关的干扰组织（血管、脂肪、结缔组织等）；

2. PBS/生理盐水漂洗，去除血渍和污染物，用无尘吸水纸吸去表面液体；

3. 剪切成边长 0.5 cm 小块或 100 mg 左右小块；

4. 
   

   液氮速冻5 min以上，并于-80℃保存。
   

   
   

常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等）：

定量蛋白质组-送样量＞200 mg；

修饰蛋白质组-送样量＞500 mg。

植物组织

1. 地上部分在样本离体前用无菌水清洗杂质，水干后采集样本；

2. 地下部分在样本离体后，用预冷的PBS清洗杂质，无尘纸吸干后采集样本；

3. 去除干扰部分（非目标组织及衰老、霉变等）；

4. 剪切成小块，锡纸包裹或放入冻存管中；

5. 液氮速冻5 min以上，并于-80℃保存。

常规植物组织（幼嫩的根、叶、花、愈伤组织等）：

定量蛋白质组-送样量＞1g；

修饰蛋白质组-送样量＞2 g。

细胞样品

悬浮细胞

• 培养至2-5×10⁵/ml，收集到15 ml离心管中，4℃，400 g-1000 g离心5-10 min，去上清；

• 用10 ml PBS洗3次；

• 1 ml PBS重悬细胞后转移到新的1.5 ml离心管；

• 同等条件离心，将上清去除干净；

• PBS重悬，液氮速冻，并于-80℃保存

贴壁细胞

• 覆盖度70-90%，去培养基培养皿用10 ml PBS洗3次，培养皿倒扣，将液体控干；

• 培养皿置于冰上，胰蛋白酶消化，PBS悬浮细胞；

• 收集到15 ml离心管中，4℃，400 g-1000 g离心5-10 min，去PBS；

• 1 ml PBS重悬后转移到新的1.5 ml离心管；

• 同等条件离心，将上清去除干净；

• PBS重悬，液氮速冻，并于-80℃保存。

1. 悬浮/贴壁细胞，定量蛋白质组-送样量＞1×10⁷个细胞或体积＞50ul细胞沉淀；

2. 磷酸化蛋白质组-送样量＞5×10⁷个细胞或体积＞200ul细胞沉淀；

3. 乙酰化、泛素化蛋白质组＞1×10⁸个细胞或体积＞500ul细胞沉淀。

血液样品

血浆样本

• EDTA抗凝剂和蛋白酶抑制剂的血常规管采集血液；

• 轻轻地上下颠倒混匀 8-10 次；

• 立即4℃，1600 g离心 10 min；

• 将血浆转移到离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心。

血清样本

• 真空采血管收集血液；

• 轻轻地上下颠倒混匀5-6 次；

• 4℃，静置15-30 min；

• 4℃，1600 g离心10 min；

• 上层淡黄色血清转移到离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心。

血浆/血清样本：

定量蛋白质组-送样量＞500 ul。

微生物样品

• 离心法或其他方法分离菌和培养基；

• 收集菌体到15 ml离心管，用10 ml PBS洗3次；

• 用1 ml PBS 重悬菌体，转移到1.5 ml离心管中离心，去上清，记录菌的湿重或体积；

• PBS重悬，每管100 ul分装，液氮速冻，并于-80℃保存。

微生物菌体：

定量蛋白质组-送样量湿重＞100mg或体积＞100ul；

修饰蛋白质组-送样量湿重＞300mg或体积＞300ul。

胶条样本

胶点胶条

胶点/胶条或者泳道皆可，建议考马斯亮蓝染色（条带清晰，无降解）。

IP / Co-IP / Pull-down样本

蛋白洗脱液蛋白总量＞5ug，蛋白溶液进行SDS－PAGE电泳，下方两种电泳方式任选其一即可。

• 蛋白洗脱液，分离胶5cm（不含浓缩胶的SDS－PAGE），切5cm胶条，于1.5ml离心管中。

• 蛋白洗脱液，SDS－PAGE标准的胶，切下目标条带，放入1.5ml离心管中.