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菖蒲在中医中药上的运用，最早是见载于《神农本草经》：“菖蒲，味辛，温。主风寒痹；欬逆上气；开心孔，补五脏；通九窍，明耳目，出音声。久服轻身，不忘，不迷惑，延年。一名昌阳。生池泽。”
现代中医药所使用的菖蒲，为天南星科草本植物石菖蒲（Acrorus tatarinowii Schott）的根茎，而且，这也是药用功效最为接近古医籍的菖蒲基材。《滇南本草》中将菖蒲称之为“九节菖蒲”，主要是依据《名医别录》：“生上洛池泽及蜀郡严道，一寸九节者良。露根不可用。”而得名，与现代中医药中的“九节菖蒲”是不同的，现代的中药九节菖蒲指的另外一种药材，基质来源于毛茛科银莲花属的植物阿尔泰银莲花（Anemone altaica），虽然与石菖蒲均有镇静、祛痰的作用，但仍有少许差别。
石菖蒲味辛、苦，性温。归心、肝、胃三经。主要功能有化湿开胃，开窍豁痰，醒神益智。主治痰迷心窍，痰湿壅闭，神志昏迷，耳聋不聪，记忆力差，食欲不振，口臭无味，吞酸嗳腐，风寒湿痹。
临床上的使用常配远志、茯苓、龙齿以益智开窍，配吴茱萸、香附以治胸腹胀闷，湿滞气塞。《施今墨对药》中远志与石菖蒲列为一对“伍用功能：远志芳香清洌，辛温行散，宁心安神，散郁化痰；菖蒲辛散温通，利气通窍，辟浊化湿，理气化痰，活血止痛。远志通于肾交于心，菖蒲开窍启闭宁神。二药伍用，通心窍、交心肾，益肾健脑聪智，开窍启闭宁神之力增强。立治：头昏、头脑不清，心神不稳，心烦意乱，失眠，记忆力减退，甚或表情淡漠、痴呆等症；中风，中风后遗症，症见神志不清，舌强语涩者；小儿急惊风，高热抽搐等症；心痛日久，气血不畅，心窍蒙闭者。”
石菖蒲的常用药用配伍如下(《用药心得十讲》，焦树得)： 1)、开通心窍，宣气除痰：热入心包和痰迷心窍所致神志昏迷、神明失常、昏懵不语、甚或抽搐等症，常以本品开通心窍、定气除痰以醒脑清神。可配合远志、胆南星、天麻、全蝎、蜈蚣、天竺黄、郁金、茯苓、朱砂、川贝母等同用。因痰浊、气郁影响心神而致心悸、善忘、惊恐、精神不安，以及痫症、癫狂等症，也可用本品宣气除痰、开心窍以安心神。常配合远志、香附、郁金、琥珀、朱砂、僵蚕、全蝎、胆南星、防风、龙齿、茯苓等同用。
2)、聪耳目、发声明：对于痰气上冲而迷心窍或中风卒倒导致耳聋、目瞀、目花、舌謇难言或言语不利等症，本品有通九窍、出声音的作用。可配合远志、天竺黄、半夏、蝉蜕、细辛、陈皮、茯苓、香附、生赭石、槟榔、磁石等同用。
此外，石菖蒲对中焦湿浊阻滞或气郁妨中焦而致的胸腹胀闷、腹痛吐泻、食欲不振等症，常配合藿香、厚朴、紫苏、半夏、陈皮、茯苓、焦神曲等同用。有温肠胃、宣气消胀、治心腹痛的作用。”
石菖蒲的药材性状：饮片呈扁圆柱形，多弯曲，常有分枝，长3～20cm，直径0.3～1cm。表面棕褐色或灰棕色，粗糙，有疏密不匀的环节，节间长0.2～0.8cm，具细纵纹，一面残留须根或圆点状根痕；叶痕呈三角形，左右交互排列，有的其上有毛鳞状的叶基残余。质硬，断面纤维性，类白色或微红色，内皮层环明显，可见多数维管束小点及棕色油细胞。气芳香，味苦、微辛。
石菖蒲的化学成分：根茎和叶中均含挥发油，其主要成分是细辛醚，α-，β-，γ-细辛醚(α-，β-，γ-asarone)，并有细辛醛(asarylaldehyde)、二聚细辛醚(bisasarin)、丁香酚(eugenol)及黄樟油素等，其次为石竹烯、α-葎草烯、石菖醚等。还含有氨基酸、有机酸和糖类。
石菖蒲的现代药理研究： 1)、抑菌作用：石菖蒲水浸剂(1：3)对多种皮肤真菌均有不同程度的抑制作用。菖蒲挥发油AC-E对于金黄色葡萄球菌、白色葡萄球菌以及肺炎链球菌、大肠杆菌等多种细菌有较强的抑制作用。
2)、镇静作用：用挥发油的1/6和1/3半数致死量可以减少小白鼠的自发活动，减弱麻黄碱的中枢兴奋作用，并可解除独居小鼠的攻击行为，这些作用显示石菖蒲挥发油具有镇静作用。此外，还能显著延长戊巴比妥钠的麻醉时间。实验表明，石菖蒲系列提取部位中的挥发油是影响中枢神经系统兴奋性的有效成分，主要表现为兴奋醒神和抗惊厥作用。
3)、对消化系统的影响：内服能促进消化液的分泌及制止胃肠异常发酵，并有弛缓肠管平滑肌痉挛的作用。所含细辛醚能对抗氧化钡引起的离体肠管的兴奋作用。
4)、对记忆的作用：动物实验表明，石菖蒲对痴呆大鼠学习记忆具有改善作用，其机制可能与石菖蒲的神经元保护作用及突触可塑性有关。
5)、镇咳作用：石菖蒲的β-细辛醚有平喘作用，能对抗组胺引起的支气管收缩，且能止咳。临床上对支气管哮喘患者的肺通气功能有改善作用。
关于石菖蒲的一些相关资料记载: 《名医别录》：“无毒。主治耳聋、痈疮，温肠胃，止小便利，四肢湿痹，不得屈伸，小儿温疟，身积热不解，可作浴汤。久服聪耳明目，益心智。” 《药性论》：“治风湿顽痹，耳鸣，头风，泪下，杀诸虫，治恶疮疥瘙。”
《日华子本草》：“石菖蒲出宣州，二月、八月采取”。“菖蒲石涧所生坚小，一寸九节者上。”“除风下气，除烦闷，止心腹痛，霍乱转筋。治客风疮疥，涩小便，杀腹藏虫。耳痛：作末、炒，承热裹窨，甚验。”
《罗浮山记》：“山中菖蒲一寸二十节。” 《抱朴子》：“服食以一寸九节，紫花尤善。” 《温热经纬》:“菖蒲泻心汤：菖蒲、黄芩、仙半夏、川黄连、紫苏、川厚朴、通草、甘草。主治风热上壅，头脑不清，耳聋重听。” 《本草纲目》：“菖蒲气温，心气不足者用之，虚则补其母也。肝苦急，以辛补之是矣。”
《本草经集注》：“上洛郡属梁州，严道县在蜀郡，今乃处处有。生石碛上，概节（密节）为好。在下湿地，大根者名昌阳，不堪服食。” 《证治准绳》：“开心散：菖蒲、远志、黄岑、人参。主治健忘。”
《医学正传》：“治癫痫：九节菖蒲(去毛焙干)，以木臼杵为细末，不可犯铁器，用黑豮猪心以竹刀劈开，砂罐煮汤送下，每日空心服二、三钱。” 《本草衍义》：“其石菖蒲根络石而生者，节乃密，入药须此等。” 《千金方》：“治好忘：远志、人参各四分，茯苓二两，菖蒲一两。上四味治下筛，饮服方寸匕，日三。”
《经验方》：“治痈肿发背：生菖蒲捣贴，若疮干，捣末，以水调涂之。” 《备急千金要方》：“孔圣枕中丹：石菖蒲、远志、龟甲、龙骨各30克，为末，蜜制小丸，功能益肾健脑、宁心安神，每次服3～5克，日3次。”“菖蒲益智丸：石菖蒲、远志、人参、桔梗、牛膝各15克，桂心9克，附子12克，茯苓21克，研末，炼蜜为丸，如梧桐子大，功能安神定志、聪耳明目、温阳止痛，每服7丸，日两次夜一次，治中老年人心肾阳虚，喜忘恍惚，积聚疼痛者。”
《本草图经》：“其生蛮谷中者尤佳，人家移种者亦堪用，但干后辛香坚实，不及蛮人持来者。此即医方所用石菖蒲也。” 《本草原始》：“石菖蒲色紫，折之有肉，中实多节者良，不必泥于九节。” 《本草正义》：“《御览》引《本经》有'生石上一寸九节者良，久服轻身’云云。《大观》本则无'生石上’三字，有'一寸九节者良’七字，作黑字，则《大观》本以此七字出于《名医别录》者也。”
《普济方》：“治少小热风痫，兼失心者：菖蒲(石上一寸九节者)，宣连、车前子、生地黄、苦参、地骨皮各一两。上为末，蜜和丸，如黍米大，每食后服十五丸，不拘早晚，以饭下。忌羊肉、血、饴糖、桃、梅果物。” 《梅氏验方新编》：“治痰迷心窍：石菖蒲、生姜。共捣汁灌下。”
《时病论》：“治温热、湿温、冬温之邪，窜入心包，神昏谵语，或不语，舌苔焦黑，或笑或痉：连翘三钱(去心)，犀角一钱，川贝母三钱(去心)，鲜石菖蒲一钱。加牛黄至宝丹一颗，去蜡壳化冲。” 《温病全书》：“菖蒲郁金汤：鲜石菖蒲、郁金、炒山栀、连翘、菊花、滑石、竹叶、丹皮、牛蒡子、竹沥、姜汁、玉枢丹。痰湿盛者，可配苏合香丸以温开。”
《千金方》：“定志小丸：人参、茯苓、菖蒲、远志。” 《重庆堂随笔》：“石菖蒲舒心气，畅心脉，怡心情，益心志，妙药也。”“祛痰秽之浊而卫宫城。”“宣心思之结而通神明。” 石菖蒲的用药禁忌：不宜与地胆、麻黄、饴糖、羊肉同使。阴虚阳亢、烦躁汗多、咳嗽、吐血、精滑者慎用。
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