浏览器可以访问镜像，R却无法下载R包怎么办？

问题描述

能够用浏览器访问镜像站点，但是在安装R包时遇到如下问题，

1. # CRAN

2. Warning in install.packages :

3.  unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib:

4.  cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'

5. Warning in install.packages :

6.  unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib:

7.  cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'

8. Warning in install.packages :

9.  package ‘ggtree’ is not available (for R version 3.5.1)

10. Warning in install.packages :

11.  unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5:

12.  cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/PACKAGES'

13. # Bioconductor

14. Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?

15. In addition: Warning messages:

16. 1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :

17.  there is no package called ‘GSEABase’

18. 2: In file(con, 'r') : InternetOpenUrl failed: '??'

19. 3: In file(con, 'r') : InternetOpenUrl failed: 'on'

解决思路

第一步，确认R能否真的能够下载数据。检索到R用 download.file进行文件下载，

1. download.file(url = 'https://upload-images./upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png',

2.              destfile = 'test.png')

发现无法直接下载内容，证明R在连接网络时出现了问题

1. trying URL 'https://upload-images./upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png'

2. Error in download.file(url = 'https://upload-images./upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png',  :

3.  cannot open URL 'https://upload-images./upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png'

4. In addition: Warning message:

5. In download.file(url = 'https://upload-images./upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png',  :

6.  InternetOpenUrl failed:

第二步，根据报错信息, 'InternetOpenUrl failed'进行检索，找到一种解决思路，也就是指定R访问网络的方法为 libcurl

1. download.file(url = 'https://upload-images./upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png',

2.              destfile = 'test.png', methods='libcurl')

能够能够解决问题。

于是我修改 ~/.Rprofile，增加如下内容

1. options('download.file.method'='libcurl')

2. # # getOption('download.file.method')

3. options('url.method'='libcurl')

4. # getOption('url.method')

5. # options(internet.info = 0) # 进行HTTP传输的诊断，默认是2，只会显示最后的出错信息

也就是Windows尽量设置默认的method为libcurl，因为wininet未必一直支持HTTPS。 来自于：https://github.com/r-lib/remotes/issues/45#issuecomment-262955721

注意：对于Windows系统， method='libcurl'时可能会出现问题，也就是Windows系统不提供有效的CA certificate bundle, 也就是说默认情况下，Windows的certificates是没有被验证过的。也就是 Sys.getenv('CURL_CA_BUNDLE')返回结果为空，建议 Sys.setenv(CURL_CA_BUNDLE=file.path(Sys.getenv('R_HOME'),'/etc/curl-ca-bundle.crt'))打开验证。

如果没有如下图片中所指的文件，可以从https://raw./bagder/ca-bundle/master/ca-bundle.crt下载curl-ca-bundle.crt的备份。