【学术观点】MSI检测，NGS方法是强有力的补充

生物_医药_科研 2018-12-24

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导读

随着多种免疫检查点药物的获批，MSI/dMMR的检测变得越来越重要。MSI/dMMR的传统检测方法分别为多重PCR法和免疫组化法：前者针对5个微卫星位点，后者则评估4种MMR蛋白表达情况。近期，一项研究对CheckMate 142和KEYNOTE-164临床试验中，被传统检测评定为MSI或dMMR的38例患者进行了MSI和dMMR重验证，发现在5例免疫治疗原发耐药的患者中，有3例（60%）为假阳性。另外，对来自法国六家医院的93例传统检测评定为MSI或dMMR的患者样本进行重新检测，发现有9例（10%）出现MSI假阳性。从假阳性结果中可以看出，仅用一种传统检测方法是造成误判的主要原因。因此，文章其中一个建议即是否应同时进行MSI和MMR的检测？当然，这势必增大了样本量的需求，而且提高了检测成本和时间。该研究结果发表于JAMA Oncology。

世和通过NGS方法研发了MSI的检测流程，并获得了3项国家研发专利，积累了超万例MSI大数据库。世和基因自主研发的NGS法MSI检测，探针及算法等已获3项国家发明专利授权，也积累了超万例MSI大数据库，能够通过微量样本一次检测同步获得微卫星是否不稳定、MMR相关基因突变情况和TMB三项结果，既解决多次检测样本量及高成本问题，也互为佐证，综合评估免疫治疗收益可能。

MSI/dMMR检测

（一）MS（微卫星）和MMR（DNA错配修复）的定义

MS即微卫星，又称简单重复序列（SSR），是一些短而重复的DNA序列，一般由1-6个核苷酸组成，串联重复排列。MSI，是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的MS序列长度改变的现象，常由错配修复基因(MMR)功能缺陷引起。

MMR是重要的DNA修复机制，能够准确地识别及修复在DNA复制或重组过程中产生的碱基错配，小范围的碱基缺失或插入，对维持基因组稳定性，遗传后代的精确性有着重要的作用。

（二）MSI／dMMR的传统检测方法

MSI常由MMR基因失活突变等造成的MMR功能缺失导致。临床上既可以直接检测微卫星序列变化判定是否MSI，也可以通过检测4种MMR蛋白缺失来确定是否发生dMMR。两种结果在大多数时候统一，但存在少量不一致情况。

MMR基因缺陷检测常依赖于免疫组化（蛋白水平）看MLH1，PMS2，MSH2 及 MSH6这4种蛋白的表达：若显示4种蛋白无表达缺失，则判读为 pMMR，若任一蛋白表达缺失，则判读为dMMR。MSI检测一般依赖于分子手段，PCR检测DNA水平。其判断是基于不同单核或双核苷酸重复序列的改变（如：BAT25、BAT26、D5S346、D2S123和D17S250，即Bethesda标准微卫星位点）。在 5 个微卫星标志物中：若有≥2个（即≥40%）发生改变，则定义为MSI-H；若有1个（即<>

（三）MSI/dMMR传统检测方法可能存在误判

近期，发表在JAMA Oncology的一项研究分析了传统的MSI/dMMR检测方法的准确性, 该研究对38例参加CheckMate 142和KEYNOTE-164临床试验的患者进行免疫治疗疗效的验证。同时对来自法国6家医院MSI/dMMR的患者进行了检测结果的验证。他们通过免疫组化重新评估MMR，并且通过PCR和HT17assay的方法重新评估微卫星状态。

在38例参与CheckMate 142和KEYNOTE-164免疫治疗临床试验的患者中（这些患者在当地被评估为MSI或者dMMR），有5例 (13%)患者发生原发耐药。经过中心实验室重新验证后，5例原发耐药的患者中有3例 (60%)MSI和dMMR状态发生误判：2例仅经一种方法检测；1例IHC和PCR结果不一致。并且其中2例为PCR结果存在误判，1例为IHC法误判。

该研究同时对来自法国6家医院被评估为dMMR或MSI的93例患者进行了检测结果的验证，其中有9例（10%）存在MSI假阳性的误判，其中6例仅通过一种方法检测，3例IHC和PCR结果不一致。