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1．水温
大部分渔药的药效与水温一般呈正相关，水温升高时，药效作用及产生作用的速度也就相应增强，如表面活性剂新洁尔灭，在37℃时只需20℃时的一半浓度便可达到相同的杀菌效果。但水温变化对各种渔药的影响程度也不尽相同，如某些消毒剂，当水温按等差级数递增时，杀菌速度则会按几何级数递增；而有些渔药（如硫酸铜、漂白粉等）水温升高对其药效的加强并不明显，反而会使其毒性增强；还有些渔药，如溴氰菊脂，其药效与水温呈负相关，当水温升至20℃以上时，其药效明显比20℃以下低。水温除了影响药物的药效外，水温还会影响渔药的毒性和稳定性。如高锰酸钾在水温25℃时对鱼类的毒性作用明显要比20℃时高；将硫酸铜在60℃的水温中溶解，则可使其失效；水温过低时有的渔药难以发挥药效。通常情况下，渔药的用量是指水温20℃时的基础用量，水温升高时应酌情减少用量，降低时应适当增加用量。
2．酸碱度
养殖水体的酸碱度是波动的，水质较肥、气温较高（如夏季中午）时pH会有一定幅度地上升。由于水体酸碱度的变化，渔药就会产生不同的作用效果。酸性渔药、阴离子表面活性剂、四环素等渔药，在偏碱性的水体中其作用减弱，而碱性渔药（如卡那霉素）、阳离子表面活性剂（如新洁尔灭）、磺胺类渔药等则会随水体酸碱度的升高作用增强。有的渔药由于水体酸碱度的变化，会产生相应的化学变化而使药效与毒性发生较大的变化，如漂白粉的消毒杀菌作用是由于其水解所生成的次氯酸，但在碱性环境中次氯酸易解离成次氯酸根离子（OCl—），使消毒作用减弱；敌百虫在碱性环境下可转化为剧毒的敌敌畏，且转化速度随pH和水温的升高而加快。水体酸碱度对药物作用的影响的机理是：①改变渔药的理化性质，如溶解度、解离度、通透性及分子结构等，对消毒剂、杀虫剂尤为明显。含氯消毒剂一般在酸性条件下电离少，只有以次氯酸、山梨酸等非电离的分子较易通过细胞膜，通透性强，杀菌作用则相应较强；当水体碱性增强时，其解离作用加强而导致杀菌作用减弱。漂白粉在pH6.5 以下，0.2～0.4mg/L 浓度即有较强的杀菌力，而在pH8 时，浓度要达到0.8～1.6mg/L 才可获得同样的效果。②影响病原体的生长、繁殖及对其的亲合力。通常病原微生物生长的最适pH 为6～8，pH 过高或过低都会使其生长、繁殖受到一定程度的抑制。
3．有机物
养殖水体是一个富含有机物的水体，水体有机物的种类及其含量与水体的性质、养殖动物的种类与密度、投饵、施肥等因素密切相关。由于有机物的存在，在一定程度上会干扰外用渔药的效果。有机物影响渔药作用的机理是：①有机物在病原体的表面形成一层保护层，妨碍了渔药与病原体的直接接触，从而延误了渔药对病原体的杀灭作用。②有机物与渔药（如消毒剂、杀虫剂等）发生结合，降低了渔药的溶解度，从而阻碍了渔药与病原体的结合，影响了渔药的作用。③有机物与渔药发生作用，形成了一种新的化合物，这种化合物不仅减弱了渔药对病原体的杀灭力，而且由于它们的不溶性，又能吸附周围其它一些物质，共同产生保护病原体的机械屏障。渔药受有机物影响的程度不尽相同，有的影响较大，如使用高锰酸钾消毒时，它要先将有机物氧化后，才可对病原体产生相应的作用；又如有机物对次氯酸盐的影响要大于氯代异氰尿酸；季铵盐类（如新洁尔灭等）、过氧化物类（过氧化氢等）渔药等的药效作用也会明显地受有机物的影响；但也有的渔药受影响较小，如聚维酮碘等。
4．光照和季节
在白昼与黑夜，水生动物对渔药的敏感性有所不同，它们夜间比白天的反应弱，且傍晚或夜间由于气温、水温降低，减少了水生动物的不安和体能消耗，对渔药的耐受能力增强。同样夏季与冬季相比，由于夏季水温较高，水生动物活动力强，它们对渔药也较冬季敏感。
此外，有些渔药见光易分解，因此尽量避免在光照较强时给药。有的渔药由于受温度的影响较大，温度高时其作用降低，所以受季节的影响也就较大，如溴氰菊脂的杀虫效果春季使用要比夏季明显好。
5．病原微生物
病原微生物的种类、数量影响着渔药的作用。病原微生物数量越多，渔药的杀菌作用会逐减弱。病原微生物的不同生长时期、状态和抵抗力也会影响渔药的作用。有些抗寄生虫渔药对成虫效果好，而对幼虫效果较差。随着抗菌药使用范围的扩大与使用剂量的增加，病原微生物会产生耐药性。目前病原微生物的耐药性问题日趋严重，耐药性不断增强，很多病原微生物已由单药耐药发展为多重耐药，导致用药量越来越大，药效却越来越低。如土霉素、金霉素等曾对海水养殖弧菌病的防治有较好的效果，但近年来由于耐药菌株的出现，已经对这类疾病无能为力；引起多种淡水鱼类细菌性败血症的嗜水气单胞菌现已对多种抗生素有耐药性，如氟喹诺酮类药。
6．其它
水体中的盐度、溶氧量、透明度、硬度、重金属盐、氨氮以及池塘底质等因素，也会不同度地影响药效。一般认为，药效会随盐度的升高而减弱（茶籽饼例外），如海水对一些抗菌药（如四环素、土霉素、磺胺等）的抗菌活性均呈抑制作用；溶氧较高时水生动物对渔药的耐受性增强，溶氧较低时，则易发生中毒现象；一般情况下渔药（如硫酸铜等）在硬水中的毒性要比在软水中小；池塘底泥较多时，对一些渔药（如敌百虫）的吸附也较多，从而降低渔药的作用。有的渔药的作用还与空气的湿度有关，如甲醛薰蒸，一般在20℃、相对湿度60%～80%下进行效果较好，如果温度低，湿度太小，则易聚合，杀菌力大大减弱。
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