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PNAS|转录因子GATA2/3-TFAP2A/C介导人类多能干细胞向滋养层细胞转化

 生物_医药_科研 2019-01-05

    滋养层细胞是构成胎盘的主要细胞类型,起源于囊胚的滋养外胚层。目前研究证实,多种转录因子参与了滋养外胚层分化调控,如Tead4、Cdx2 、Eomes、Gata3 、以及AP-2γ (Tfap2c)等。小鼠滋养外胚层细胞中CDX、TFAP2C、GCM1、以及 GATA3等转录因子特异性高表达,而Eomes及Elf5则在胚胎组织中也有分布。近期研究表明,小鼠成纤维细胞过表达Tfap2c、Gata3、 Eomes、以及Myc/Ets2可转化为滋养层干细胞样细胞。

    在BMP家族因子(如BMP4、BMP5、BMP10、BMP13等)诱导下,人类胚胎干细胞(ESC)和诱导多能性干细胞(iPSC)可转化为滋养层干细胞样细胞。与原有的ESC或iPSC相比,诱导后的滋养层干细胞样细胞高表达包括CDX2、GATA2、GATA3、TFAP2A、TFAP2C、MSX2、SSI3、HEY1、及GCM1等转录因子,提示这些转录因子对于人类滋养外胚层细胞具有重要作用。但时至今日,滋养外胚层分化调控机制依然是个未解之谜。

    德国干细胞研究所的Drukker教授研究组以BMP诱导ESC向滋养层干细胞样细胞分化为体外模型,利用多种组学技术,系统探讨了转录因子在滋养外胚层分化中的调控作用,为相关研究提供了重要线索。


1. 细胞鉴定及转录组学验证

    作者所在的研究组在之前研究发现,当采用BMP4处理人ESC48小时后,部分ESC表达表面标记分子aminopeptidase A (APA),并具有滋养层干细胞特性。因此,APA可用于鉴定并分离滋养层细胞前体细胞。本研究中,作者用BMP4处理人ESC2.5天,并利用流式细胞术,分离APA信号强度最高的20%(APA+)和最低的20%(APA-)细胞进行转录组检测(图1A-C),与未分化细胞(SSEA-5+)进行比对,发现APA+细胞高表达GCM1、TP63、VGLL1、GATA2、GATA3、以及TFAP2C等滋养层细胞特异性高表达转录因子,低表达SOX2、OCT4、以及NANOG等内细胞团特异性高表达转录因子(图1D、E)。单细胞测序结果也显示,APA+与APA-细胞具有不同的表达谱特征,二者可自然分成2群细胞(图1G)。APA+细胞上调表达基因与胎盘组织和多种类型滋养层细胞具有相关性(图1F、H),进一步说明了APA+细胞极有可能是滋养层细胞前体细胞。

图1. BMP4处理人ESC48小时后细胞鉴定分离及转录组特征


2. H3K4me3及H3K27me3组蛋白修饰变化情况

    已有研究证实,H3K4me3 及H3K27me3组蛋白修饰的变化在细胞第一次命运决定中具有不可替代作用。本研究利用ChIP-seq方法,探索了上述2种组蛋白修饰在BMP4处理后ESC中的变化。结果发现,在APA+细胞特异性的上调表达的基因约有65%在细胞未分化时(SSEA-5+细胞)同时受到H3K4me3 及H3K27me3组蛋白修饰,但在分化后(APA+细胞)H3K27me3组蛋白修饰丢失,仅保留H3K4me3 组蛋白修饰(图2A、B)。另一方面,研究发现CDX2、GATA3、TFAP2C、GCM1、VGLL1、TP63、以及ELF5等与滋养层细胞分化密切相关的转录因子在未分化ESC中表现为同时受到H3K4me3 及H3K27me3修饰或不受修饰2种形式;而SOX2、NANOG、以及OCT4等内细胞团特异性表达转录因子则在未分化ESC中仅受H3K4me3修饰(图2C-E)

图2. H3K4me3及H3K27me3组蛋白修饰变化


3. GATA2/3-TFAP2A/C是细胞转化的关键因子

    为探索自ESC至滋养层干细胞样细胞变化过程中最关键的转录因子,作者在BMP4处理8、24、48小时后分离APA+细胞,重新比较其中上调的转录因子。BMP4处理8小时后,GATA2、GATA3、TFAP2A、TFAP2C、以及MSX2在APA+细胞中显著上调(图3A-C),提示上述转录因子可能在滋养外胚层早期分化中发挥关键作用。其中MSX2是在多种前体细胞分化中均呈现上调表达,而另外4种则是滋养层细胞分化特异性转录因子。根据以上结果,作者认为GATA2、GATA3、TFAP2A、及TFAP2C很可能是调节滋养外胚层分化最重要的转录因子,并在随后的研究中予以进一步证明。

图3. GATA2/3-TFAP2A/C在BMP诱导ESC8小时即发生表达变化


4. GATA2/3及TFAP2A/C结合位点的确定

    作者通过生物信息学预测,筛选转录起始位点-3.4/+5kb处具有GATA2/3或TFAP2A/C结合位点的基因(图4A),并依据该基因在BMP4处理ESC后72小时后是否上调/下调,判断GATA2/3或TFAP2A/C是否对该基因具有转录激活/抑制作用(图4B)。结果表明,上述4个转录因子,特别是GATA3,主要起基因转录激活的作用,进而促进ESC向滋养层细胞分化。所有转录本中发现204个与上述4个转录因子均有结合位点的基因,122个在APA+细胞中显著上调。在122个上调基因中包括11个转录因子(图4C),其中CDX2和ANKRD1是公认的调节滋养外胚层分化的核心转录因子(图4D、E)。


图4. GATA2/3及TFAP2A/C结合位点的鉴定


5. 转录因子GATA3功能验证

    为探索GATA3在滋养外胚层分化过程中的功能,作者首先利用GATA3敲除ESC重复BMP4诱导实验,发现GATA3敲除下拨不能被有效诱导为滋养层细胞前体样细胞(图5A)。另一方面,ESC中过表达GATA3可模拟BMP4处理的表型,包括GATA2/3、TFAP2A/C、CDX2、以及GCM1水平上升,以及OCT4水平下降(图5B-D)。恒河猴受精卵中注射GATA3的morpholino可抑制受精卵自32细胞期/桑葚胚期发育至囊胚期(图5E-H),说明GATA3对于灵长类滋养外胚层分化具有关键作用。

图5. GATA3在滋养外胚层分化过程中功能验证


总结与展望

    本研究发现由转录因子GATA2、GATA3、TFAP2A、及TFAP2C构成的调控网络介导人类多能干细胞向滋养外胚层细胞转化。该调控网络的启动不仅激活CDX2和ANKRD1等调节滋养外胚层分化的核心转录因子的表达,还抑制了OCT4等内细胞团特异性转录因子的表达。在灵长类受精卵内注射GATA3的morpholino可抑制囊胚形成,进一步证明了该网络对于滋养外胚层分化的关键作用。本研究在组学层面上描绘了滋养外胚层分化的调节网络,为相关研究提供了重要的分子基础。

    但另一方面,本研究的发现基于BMP诱导ESC向滋养层干细胞样细胞分化为体外模型,而这一模型本身对于人类胚胎正常发育过程并不能完全模拟。恒河猴虽与人类同为灵长类,但自然状态下二者的滋养外胚层发育并不十分一致。目前人类体外胚胎培养也不能很好模拟滋养外胚层的进一步发育。因此,建立能够良好模拟人类滋养层细胞分化的体外模型,对于该领域的研究具有十分积极的意义。



参考文献:

Krendl C, Shaposhnikov D, Rishko V, Ori C, Ziegenhain C, Sass S, Simon L, Müller NS, Straub T, Brooks KE, Chavez SL, Enard W, Theis FJ, Drukker M. GATA2/3-TFAP2A/C transcription factor network couples human pluripotent stem cell differentiation to trophectoderm with repression of pluripotency. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114(45):E9579-E9588.





生命树之谜:

中国科学院动物研究所生殖病理学研究组

BOSS简介:

http://sourcedb.ioz.cas.cn/zw/zjrc/200907/t20090716_2088415.html

Lab简介:

http://rpb.ioz.cas.cn/yjz/wangyanling









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