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如果你是学习药学或者是临床上想要做药物机制方面的研究，这时候你就需要STITCH这个神器了，他可以帮你找到你想要的蛋白和小分子化合物哦。 STITCH数据库 STITCH数据库是一个用于检索已知的以及被预测的化合物和蛋白质之间互作关系的平台。化合物与蛋白质之间的互作关系通过实验验证，数据库，以及文献中的研究被证实。STITCH数据库中包含超过30,000的小分子化合物以及来自1133个物种的260万个蛋白质之间的互作关系。STITCH数据库从分布在文献和多种生物学途径、药物靶点关系和结合亲和力的数据库整合了小分子和蛋白质的相互作用。STITCH数据库不断更新，目前更新到第五版本，今天我们就利用STITCH数据库查找与小分子互做的蛋白。 下面跟着小编一起来掌握这个数据库吧！ 首先进入STITCH数据库： STITCH数据库网址：http://stitch. 在download界面可以下载所有的数据库信息：包括化合物-化合物之间关系，化合物-蛋白之间的互做等，当然首先选择自己研究的物种。 比如上面：在1处我们选择human出现下面界面： 这样你就可以放心下载，编程处理了。 接下来介绍网页版举例操作： 以盐酸小檗碱（Berberine）为例： 这主界面我们可以看到，它支持名字检索，多个检索，化合物结构，蛋白序列检索等方式。 这里我把盐酸小檗碱填进去，物种选择人类，便出现下面的互做。 我们可以认为周围的蛋白是靶蛋白哦，线的粗细代表置信度高低，线的颜色代表作用模式不同。 在setting界面设置，可以调整，比如1里面可以改变线的形状来不同的作用模式，2里面是设置证据来源，3是设置置信度分，这里的置信度分可以理解为二者结合的强弱，当然越大，代表结合的可能性越高，通常默认是0.4，当然自己可以调的更高，比如0.8, 4代表是一次显示多少，默认是10个。 这里我们调整一下，显示50，置信度为0.9。 那么这两个可能会是你下一步的对象了。 在analyse里面可以看到富集到哪些通路。 在Tables/Exports里面可以下载为tsv（个人意见），然后倒入cytoscape绘图即可。 最后介绍一下cytoscape绘图： Cytoscape是用于可视化网络数据的一个非常强大的工具，比如说表现一组基因间的相互关系，文本形式和网络图形式，在数据的表现力上孰优孰劣一目了然。
今天主要说一下下载与安装。 网址：http://www.，目前是3.6.1，直接点击下载。
可能你们在安装的过程中会出现报错，不要怕，按照提示安装java，不过一般要求java8以上，安装Java之后，之后再去安装cytoscape，因为我已经安装了cytoscape，不想在安装了，所以大家有问题可以在公众号留言哦，我会尽量为大家答疑解惑。  Ok，就到这了，后续将继续分析用代码查找靶点，以及TCMSP，TCMID，Bingdb数据库。如果这篇推文的点击量大的话，我将继续详解（假如你有）100个小分子，如何批量查找靶点，以及化合物之间的互做关系,欢迎大家阅读指正哈。 |
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