[转载]如何根据测序数据计算出数据量以及测序深度？

一般来说，测序数据的数据量和测序深度在样本送测之前就应该确定下来。但是，对于从网上下载的数据如何得知它的数据量大小和测序深度呢？

首先，需要明确:数据量大小其实就是碱基的个数。

那么，数据量大小就应该这么计算：

【单端测序】           数据量=reads长度 * reads个数   (reads长度很容易得知,reads数目可以用$ wc -l file.fastq统计出来的结果除以4,因为1个reads在fastq文件里通常用4行的信息来描述)

【双端测序】            数据量=单端reads长度 * 单端reads个数 * 2

 单位换算:

  1个碱基=1bp   1kb=1024bp   1M=1024kb   1G=1024M

测序深度的计算方法如下:

测序深度=数据量大小 / 参考基因组大小

同理，在测序之前我们在确定数据量大小和测序深度时，也可以根据以上思路反推。