基因表达丰度

比对统计

测序饱和度表示的是测序量与检测到的表达基因数量之间的关系，当测序量达到一定标准时，检测到的表达基因数量就逐渐趋近饱和。

cDNA片段随机性检验是通过比对到参考基因序列上的reads数量来进行评估的。由于不同的参考基因有不同的长度，因此对不同长度的参考基因做了均一化处理。reads在基因上分布均匀就标明cDNA片段的随机性好。

根据样品不同表达量对应的密度值做密度分布图。

• E1饱和曲线图; E1数量随机性分布图; E1百分比随机性分布图; E1表达量分布图; E1基因表达分布图; E1密度分布图;
• E2饱和曲线图; E2数量随机性分布图; E2百分比随机性分布图; E2表达量分布图; E2基因表达分布图; E2密度分布图;
• E3饱和曲线图; E3数量随机性分布图; E3百分比随机性分布图; E3表达量分布图; E3基因表达分布图; E3密度分布图;
• E4饱和曲线图; E4数量随机性分布图; E4百分比随机性分布图; E4表达量分布图; E4基因表达分布图; E4密度分布图;

基因表达丰度统计

基因表达量的计算使用RPKM法（Reads Per Kb per Million reads）{Mortazavi, 2008 #103}，其计算公式为：

设RPKM(A)为基因A的表达量，则C为唯一比对到基因A的reads数，N为唯一比对到基因组的总reads数，L为基因A编码区的碱基数。RPKM法能消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响，计算得到的基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异。

结果示例

Gene_ID	Length	RPKM	Count
ENSSSCG00000000001	1551	0.381569	3
ENSSSCG00000000002	2157	40.5386	462
ENSSSCG00000000003	1410	6.25005	44
基因的ID	基因的有效长度	RPKM值	比对到基因上的reads数

• E1基因表达量表
• E2基因表达量表
• E3基因表达量表
• E4基因表达量表

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