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前些日子网上与人抬杠。 “你怎么证明测序读长越长，对实验结果越有利？16S单区测序这么多大文章采用，你为何要采用更花钱的多区域测序方法？” 注：部分背景信息可参见前贴16S单V4区是最佳选择？呵呵！ 咦？大把的文章似乎排着队堵在我的舌头，却一时哪个都吐不出来。 再次打开电脑，第一个撞入眼帘的正是这篇文章。拍案称好！正是我想做却未做之事。 Combining 16S rRNA gene variable regions enables high-resolution microbial community profiling Garold Fuks, Michael Elgart, Amnon Amir, Amit Zeisel, Peter J. Turnbaugh, YoavSoen, Noam Shental bioRxiv 146738; doi: https:///10.1101/146738 一句话概况文章内容： 作者采用了各种模拟数据，各种模拟样本，各种方法，证实：16S多个区域同时测序比单个可变区测序其分辨率显！著！提！高！ 当采用由6对引物组成的16S多区域测序（~1200bp），其分辨率相比于单个区域测序（如V4区），分辨率约提高了100倍。如图 再来看下从1个可变区到6个可变区的变化 下图中的Precision是指1-假阳性率，即Precision值越高，代表结果越准确。由图中可见，从1个可变区到6个可变区，其Precision值逐渐增高。 为了证实结果的翔实可靠，作者继续采用多种方法来证实以上结论，例如采用了模拟数据后，又混合菌株制备mock mixture，之后又采用了HMP的标准品（21个菌种混合物）等反复测试计算。涉及图表很多，这里就不一一详述了。 |
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