|本期主题| 如何用UCSC和ENCODE 研究表观遗传学 小 编 导 语 表观遗传学,近几年高速发展,一个又一个重大发现简直是亮瞎了小编的“媚眼”!它被人们认为是“新的遗传学”…bababa…lalala…废话不多说,举个例子: 一位白色皮肤的男性和一位黑色肤色的女性生了两个孩子,他们的皮肤颜色应该是黑色还是白色呢?小编就算是把沃森绑架拷问,他也未必能给出准确答案(此处打脸直到打死为止)。 没错,这就是近些年快速发展的新兴学科—Epigenetics。 表观遗传学近年来已经成为生命科学领域的前沿和热点,针对表观遗传调控因子进行靶向药物设计和新药开发正在如火如荼的互相撕咬着。有小伙伴们可能耐不住了,这么重要的东西,但对我有毛线用啊。嘿嘿,小编就是不告诉你如何利用表观遗传数据库和ChIP技术快速提高文章5分, 打小编脸啊,来呀! 别急,作为入门级的小白们,应该先了解一些工具的使用, 这才能在后期划船不用桨,扬帆不用风向,只需一直浪。 Go 我们这一期先讲讲—— “如何利用公共的数据库提前了解你所感兴趣的基因、转录因子或组蛋白修饰在基因promoter区的富集情况”。 Step1. 打开ENCODE网页 网址https://www./ 进去之后点击Get Started. Step2. 选择感兴趣的实验方法以及细胞系 这里我们选择的是ChIP-seq,种属选择Homo sapiens,细胞系选择的是HepG2,选择histone来研究组蛋白的各种修饰。 GRCh38,hg19等都是人类的参考基因组序列。代表了不同的组装版本代号。目前最常用的人类基因组参考序列版本号是GRCh38。 Step3. 链接到UCSC genome browser 选择完成之后点击Visualize按钮,就可以链接到UCSC genome browser。 Step4. 排序及隐藏无关内容 进入UCSC网页后,会发现有许多我们并不需要的内容,这时候我们就可以根据最左侧的灰色条带来对条目进行排序以及隐藏删除。 Step5. 选择感兴趣的组蛋白修饰点 将页面拉到下方进行进一步的筛选,选择你感兴趣的组蛋白修饰位点,去掉不感兴趣的修饰位点。 Step6. 输入你感兴趣的基因 在完成所有的筛选后,在最上方输入你所感兴趣的基因就可以一探究竟啦! 写在最后
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