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使用染色质免疫沉淀，然后测序或ChIP-seq，可以分析全基因组的DNA结合蛋白，组蛋白修饰和核小体。ChIP-seq文库的制备允许研究基因调控和表观遗传机制。
成功的ChIP-seq库准备
标准DNA文库制备与ChIP-seq文库制备没有什么不同。存在几种商业方法，通常适用于称为Illumina测序的下一代测序平台，其也可用于标准DNA文库制备。其他新一代测序平台包括Helicos，Roche和ABI。标准和ChIP-seq文库制备之间的一个区别是输入DNA的量，ChIP-seq文库通常较低。
所有ChIP实验都集中在结合DNA的蛋白质上，因此首先将DNA结合蛋白与DNA交联。这通常使用甲醛完成，然后进行超声诱导剪切。这产生200至600bp范围内的小片段。针对靶蛋白产生的抗体用于免疫沉淀DNA和蛋白质的复合物。然后反转交联，并将片段化的游离DNA用于文库制备。
Illumina的文库制备通常遵循相同的概要。由片段化DNA组成的输入经历处理以修复末端并使5'末端磷酸化。在此之后，连接所选择的衔接子并切除该衔接子的尿嘧啶部分。PCR用于富集和链重复，清理产物并构建文库。
关于ChIP-seq库准备的建议 为了构建具有良好覆盖率和低偏差的文库，需要高质量的DNA和适当的文库制备。在制备期间，通过使用低保留管可以最大化样品回收，这使得DNA与实验室塑料器皿的结合最小化。 所有试剂应在制备库的当天新鲜制备。类似地，文库制备中使用的酶倾向于在室温下具有高降解速率，这意味着它们需要始终在合适的温度下储存以确保反应效率。
必须在文库制备之前进行DNA定量。建议使用荧光计进行定量，因为与光谱仪相比，使用嵌入染料定量DNA的技术具有更高的准确度和更高的灵敏度。应使用生物分析仪，先进行文库制备，然后再验证样本大小分布。
使用高灵敏度的DNA试剂盒以确保DNA定量和鉴定准确是很重要的。在文库制备中使用的适配器将增加样品的重量，并且在尺寸选择期间应该考虑。
在测序之前，应清洁制备中的文库并选择大小以除去不需要的DNA片段，例如未连接的引物或引物二聚体。DNA清理还应该消除长度低于200
bp的任何DNA片段。
在合成文库之前，建议分析免疫沉淀的DNA。这是使用qPCR进行的，其中对于根据需要选择的特定基因具有最少一个阳性和阴性对照靶。
ChIP-seq需要一个对照来比较序列分析中的峰，因此必须在文库旁边准备对照。虽然没有普遍认同的控制作为最佳控制，但最常见的控制使用以下之一：
输入DNA或未经免疫沉淀的DNA
模拟DNA，或在免疫沉淀过程中未用抗体处理的DNA
非特异性的，或已知不与DNA相互作用的抗体
由于ChIP-seq使用抗体，实验可能会受到抗体使用的限制。最好的文库将使用经过验证的抗体构建，因为某些抗体与下一代测序平台不兼容。
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