蛋白与蛋白的互作（和分子对接）

 今天是生信星球陪你的第299天

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   大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

师兄找我做蛋白和蛋白的分子对接，我以前学的都忘了，只能现学现卖研究了一下下，顺便写了推送，周六要预答辩的我好像有点嚣张啊。最近我写的分子对接系列很容易被大家搜到，趁这次来推一波：

蛋白质三维结构预测、结果解读与评分

Autodock分子对接--1. 准备工作（用pymol查看三维结构，去除水分子，分离蛋白和小分子）

Autodock分子对接--2.蛋白和小分子的预处理（导出PDBQT）

Autodock分子对接--完结撒花！

先看一下蛋白质相互作用关系数据库（如果无法打开属于网络问题，不要问我）：

1.DIP

实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。

2.BioGRID

主要收集模式生物物种中涉及的蛋白质间相互作用，是各种相互作用的数据集

搜索基因名即可出结果，可以导出

3.STRING

实验测定已知的及计算方法预测的蛋白质间相互作用

搜索基因名可以得到互作关系图

4.ZDOCK（http://zdock./）

刚性对接，目前可用免费的的都是刚性。蛋白结构用自己预测或者从PDB数据库下载，详见：
如何预测：蛋白质三维结构预测、结果解读与评分
如果是下载的，如何预处理在这篇：Autodock分子对接--1. 准备工作（用pymol查看三维结构，去除水分子，分离蛋白和小分子）

（1）任务提交

步骤：选择文件，输入学术邮箱，最后一个跳过残基选择的框可以选上。然后提交。
同类还有http://vakser.compbio./resources/gramm/grammx/

（2）下载和分析结果

下载top10的结果。

这是一个压缩包，需要解包解压，选第一个complex1.pdb。

用PDBePISA来分析对接结果（http://www./msd-srv/prot_int/pistart.html）。

点点点

上传即可看结果。我做失败了，可能是其中一个蛋白太小。所以结果解读下次吧aaa我写毕业论文去了。

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