NCBI-SRA数据提交流程（收藏版）

最近总有小伙伴找小编询问一些数据上传的问题，看来又到了发论文的高峰期了？小编不甚明了！不过既然这么多人受到困扰，小编就给大家再介绍一下如何将测序数据上传至NCBI。

一、提交数据数据基本流程：

1、注册NCBI账号；

2、登陆提交界面后，我们需要获取BioSampleID；

3、然后在获得BioProjectID；

4、BioProject和 BioSample 创建完成后，再到SRA 的网页，点击“Create newSubmission”，并完成信息填写；

5、完成4步骤后，网页上NCBI会给出一个登陆FTP的账号和网址链接；

6、登陆后用账号可直接上传（复制粘贴），或用软件FileZilla上传；

7、上传后会生成相应的编号，供发文章使用（上传数据请理清思路）。

二、注意：

1、上传的数据格式是根据测序平台不同而不同，文件格式（Illumina_native、bam、fastq、srf)都可以的；

2、创建好后，NCBI会提供数据上传的FTP的账号，压缩后上传到FTP。至于文章中的sra格式，是我们将数据上传后，NCBI数据库压缩的的格式；

3、交付的结果中，raw reads或clean reads序列文件（*.fq.gz）是可以直接提交SRA的数据。在交付结果中找到对应文件，无需解压，即可直接上传；

4、如果数据交付时您保留有对应文件的MD5校验码的话可以直接使用。如果没有保存MD5码可上网下载任意的MD5校验工具，重新生成一下MD5值；

5、一定要明白该数据的测序策略，不同的测序方法生产的数据的格式和填写的内容是不一样的，这需要先了解好，生物信息学知识百度提前补。

具体如下：

• 注册NCBI账号：

登入NCBI主页右上角Signin to ncbi注册（http://www.ncbi.nlm./）。

• 开始注册：

1. BioSample的注册：

登陆后，点击提交Submit（https://submit.ncbi.nlm./）

点击Newsubmission后按照提示填写完相应的信息，成功后生成BioSample号:

2.BioProjiect的注册

点击Newsubmission按照提示填写完相应的信息，成功后生成BioProjiect号：

按照提示填写:

3. SRA的注册，Create new Submission：

关联BioSample BioProjiect（https://submit.ncbi.nlm./），再返回到NCBI主页中点击submit后界面如下：

点击红色框圈出来的地方即可进入，下面界面：

点击Home即可进入下面界面：

点击SRA，界面如下：

完成信息填写：

点击SRA即进入下面页面，创建一个新的submission：

点击CreateNew submission，填写信息：

填写好后，点击保存，进入下面界面，点击NewExperiment用已将上面创建好的BioProject、BioSample关联进来，如下图：

点击NewExperiment的界面，填写信息后保存，进入下一个界面：

• 数据上传

到这里，我们网页上的填写信息就完成了，利用NCBI中给的网址链接，账号和密码，我们就可以直接登录NCBI。

方法一（该方法简单，但传输较慢）：

打开我的电脑复制FTP网址进入，如图：

回车后界面（下面这真的是NCBI服务器的界面，如果你用过你们学校的服务器资源，FTP应该知道）

然后右键选择登录：

在里面输入NCBI给的账号和密码就可以进入NCBI服务器，即可打开远程FTP站点，将需要上传的文件复制粘贴或者拖入其中即可开始上传。为了与其他提交者的文件进行区分，建议您在上传前，在该远程FTP站点上首先新建一个文件夹，并以区别于其他提交者的方式命名（建议使用BioProject编号命名），然后打开该文件夹，将数据上传到其中（Ctrl+C和Ctrl+V）。

方法二（软件：FileZilla）：

安装后打开的界面：本地站点为你的电脑，远程站点为服务器可视化界面；

主机：NCBI给你的FTP链接，账号：sra 密码：NCBI给端口：FTP数据传输默认为 21。

登录：登录后只需要在右边右键创建一个文件并命名，然后在左边你的电脑上找到你要上传的的文件，从左边拖到右边文件夹里就OK了，接下来就等吧。

• 上传完成、检查状态

登陆SRA提交页面，打开本次的Submission，可查看每一条SRA记录的状态。请您仔细检查上传的每一条记录是否Completed，是否所有的Sample、Experiment、Run信息对应无误。

另外还可以看到记录对应的Accession编号，编号主要有SRP、SRS、SRX、SRR分别对应Study、Sample、Experiment、Run。文章中可以根据上下需要引用这些编号。

如果您在在提交过程中遇到技术问题，您可以随时向SRA的工作人员寻求帮助。

上传完成后，再登录到SRA

进入SRA结果：

好了，测序数据上传NCBI介绍完了，假如您还有问题，可以学习下面课程，定会豁然开朗！

扫我观看