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新手须知的函数R包脑回路

 微笑如酒 2019-03-30

 今天是生信星球陪你的第306天


   大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!

1.找不到某个函数

x <- str_c('doudou',1:3)
Error in str_c('doudou'1:3) : could not find function 'str_c'

解决方案,先?str_c看帮助文档,看这个函数属于哪个包,然后安装这个包。有时一个问号不行,需要两个问号,再找不到,就要去百度搜索啦。

> ?str_c
No documentation for ‘str_c’ in specified packages and libraries:
you could try ‘??str_c’
> ??str_c

箭头所指就是包名。

2.不存在某个包

library(GSVA)
Error in library(GSVA) : 不存在叫‘GSVA’这个名字的程辑包

两个原因:
(1)拼写错误,多使用tab键补齐,就可以避免这个错误。
(2)没有安装成功:R包安装时如果出现error(报错),那就是失败了。需要重新安装一遍,如果还是不行,就看它报错是不存在哪个包,就重新安装哪个包。这种情况是依赖关系没有解决好,跟个人电脑有一定的关系,要知道怎么解决:不存在谁,就安装谁。

3.怎么安装

install.packages('stringr')
BiocManager::install('GEOquery')

需要知道R包来源在哪里。CRAN的包用install.packages,biocductor的包用BiocManager::install()。不知道的话百度搜索,会找到一个这个包的介绍界面,非常详细,会告诉你如何安装。
比如:

http://www./packages/release/bioc/html/GEOquery.html
网络问题不要问我哦。


还有搜到很多中文教程哦。天下无难事。





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