参考文献http://nce.ads./wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf 1,ABLUP VS SSGBLUP传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于,原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵 传统的动物模型计算BLUP值根据系谱计算A矩阵,然后使用Henderson方程组计算BLUP(EBV值) SSGBLUP计算BLUP值2,BLUPF90怎么进行SSGBLUP分析
2.1 renumf90预处理数据2.2 blupf90计算H矩阵以及育种值2.3 pregsf90计算H矩阵主要作用:
3, 构建H矩阵的参数设置4, 基因组数据的筛选5, 亲子鉴定的作用6, G矩阵结果数据挖掘6.1 检测异常个体G矩阵中,某些个体对角线有较高的值, 有可能这个个体不是群体内的个体, 可能来源其它群体或者家系, 或者call rate值较低. 6.2 检测重复样本如果某两个个体的亲缘关系大于0.9, 则表明这两个个体可能是重复样本 6.3 G矩阵和A22矩阵的关系G矩阵和A22矩阵是相同个体构建的G矩阵和A矩阵, 他们应该是由很高的相似性. 如果对角线和非对角线相似度较低, 表明是有一些问题的. 需要引起重视, 可能是测序个体ID错误, 可能是数据量较少等等 6.4 根据基因组数据进行PCA分析7, 构建A22矩阵时的高效方法可以看出, 构建A22矩阵时, 使用57000系谱数据, 6500测序个体, Tabular用了311s, 内存占用12G, 而Colleau method用了45s, 内存占用322Mb. 使用Colleau方法更合适 8, 使用BLUPF90构建H逆矩阵输出如果想要使用DMU, ASREML或者WOMBAT利用blupf90构建好的H逆矩阵, 需要输出Original ID的形式. 然后转化为DMU和ASREML的格式即可. 基因组选择: 育种数据分析中,表型选择,方差分析,混合线性模型的BLUP育种值是学科的枝干,MAS,GWAS是花苞, GS则是盛开的花朵,其依赖于常规的数量遗传理论,但青出于蓝而胜于蓝,具有光明的前景,由于GS的应用,分子育种的落地又大大提前了一步。现在GS在动物育种中,特别是牛,猪,鸡,羊中正在大规模落地,以后再玉米,水稻,小麦,大豆的应用也将落地。冬天来了,春天还会远么? 这个章节有文献解析,SNP数据清洗,G矩阵及H矩阵构建,模拟数据,软件使用,理论介绍等等。 1,QMSim 基因组数据模拟软件-介绍2,关于SNP在染色体上的分布图怎么做15, 基因组选择分析软件调研
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