【原】用JBrowse搭建基因组浏览器

生信药丸 2021-07-26

展开全文

写在前面

JBrowse，可以把它理解为一个网站（网页），只不过使用它不再需要从 HTML 和 CSS 写起，也不用 JS 来编写各种 function。其次它的功能是用来展示各种基因信息，比如基因的外显子、内含子，比如转座子和重复序列或者SNP等。

优点：

数据呈现的压力从本机转移到了后端服务器。
其本身的网站属性让你我都可以随时访问。

安装

首先下载JBrowse安装包

wget https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.3-release/JBrowse-1.16.3-desktop-linux-x64.zip

然后解压

unzip JBrowse-1.16.3-desktop-linux-x64.zip

接下来。。。嗯。。。手动安装JBrowse实在很折磨。。花了三天也没整好，不知道是我模块安装不全还是哪里的配置没设好。。
总之，最后放弃了，惭愧惭愧还是经验太少能力太弱。
然后尝试用 bioconda 安装Jbrowse。试了之后，真香！

用 bioconda 安装Jbrowse

一、先上conda的网站，查询是否含有我们所需的包

https:///search?q=JBrowse+&sort=ndownloads&sort_order=-1&reverse=false

二、conda下载安装Jbrowse

conda install -c bioconda jbrowse

三、安装好了之后，cd 到 conda 安装的路径

四、将整个Jbrowse文件夹cp到 /opt/lampp/htdocs/

因为我用的是xampp，所以cp到该文件夹下就可以直接在网上浏览了。那么如果你使用的是其他的
web服务器软件，如 nginx ，将Jbrowse拷贝到相应的文件夹下即可。

五、用浏览器访问 index.html ，查看JBrowse是否可以正常运行。

浏览器访问：你的IP/jbrowse-1.16.2-pl526h6bb024c_7/opt/jbrowse/index.html

如图所示，说明已经安装成功

六、运行 setup.sh ，安装一些模块之类的，还会配置一个示例data用于展示。（注意：官网有强调，不能用root安装）

./setup.sh

嗯。。这个脚本跑了很久一直跑不成功。。。在 setup.log 文件中，可以查看一些报错信息，然后去解决。

我运行的时候，示例数据一直处理不成功，不知道为何，但是不影响，做自己的数据没问题。

配置

一、配置参考基因组

使用 prepare-refseqs.pl 脚本

bin/prepare-refseqs.pl --fasta 参考基因组文件

配置完之后，会在当前文件夹下产生一个 data 文件夹，里面含有一些配置信息。
参考序列生成的 track 会为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。

可以通过使用浏览器查看：你的IP/jbrowse-1.16.2-pl526h6bb024c_7/opt/jbrowse/data/

点击 parent directory,就可以看到可视化的界面了。

二、添加 gff3 注释信息

使用 flatfile-to-json.pl 脚本

bin/flatfile-to-json.pl --gff 注释文件 --trackType CanvasFeatures --trackLabel cuffgff3

同样，可以使用上述方法查看

三、添加bam文件

进入data文件夹（因为新生成的文件都在data 目录下面，所以现在要修改和添加数据，那么就在这个目录下操作就可以了）
cd data
修改 tracks.conf 文件，增加 bam 文件的 track。（如果要导入多个bam文件，则增加多个 [tracks.alignments] 即可，注意：[tracks.alignments] 是唯一的，即不可重复,可修改成 [tracks.xxxxx] 的形式）

[tracks.alignments]
urlTemplate =bam文件的路径
baiUrlTemplate =bai文件的路径
type=Alignments2
category = 浏览器左侧栏中，该bam文件归属于哪一类（自定义）
type = JBrowse/View/Track/Alignments2
key  = 浏览器中左侧栏中，该bam文件显示的名称（自定义）