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工具百百千，数据千千万，不用下载TCGA、GEO数据，零代码利用在线工具其实也可以进行数据挖掘。 本次解读的是18年11月发表在aging（IF=5.179）的一篇生信文章——Chromobox 1/2/3/6/8的转录表达可作为肝细胞癌患者预后的独立指标  蛋白家族：体内氨基酸序列相似并且结构与功能十分相近的蛋白质称为蛋白质家族（protein family）。 Chromobox（CBX）蛋白是已知在肝细胞癌（HCC）中起关键作用的表观遗传调节复合物的重要组成部分。但是关于CBX蛋白家族在HCC中的功能知之甚少。为了解决这个问题，作者使用ONCOMINE，UALCAN，人类蛋白质图谱，Kaplan-Meier绘图仪，c-BioPortal数据库等在线网站进行数据挖掘，发现8个CBX蛋白家族成员的中CBX1 / 2/3/6/8可能是HCC患者的预后标志物。 作者首先通过ONCOMINE数据库和UALCAN网站比较CBX家族成员的转录表达（mRNA）在癌组织和正常组织中是否存在表达差异。  Figure1：CBX在20种不同类型的癌症中的转录表达（ONCOMINE数据库）。  Figure2：不同CBX家族成员在HCC组织和邻近正常肝组织中的mRNA表达（UALCAN ）。 接着作者通过人类蛋白质图谱（https://www.）网站比较人正常组织和HCC组织之间的不同CBX家族成员的蛋白质表达在免疫组织化学的图像差异。  Figure3：HCC组织和正常肝组织中不同CBX家族成员的代表性免疫组织化学图像（人类蛋白质图谱） 作者还通过UALCAN网站分析不同CBXs家族成员mRNA表达与HCC患者个体癌症分期的关系以及与肿瘤等级的HCC患者的关联。  Figure4：不同CBXs家族成员mRNA表达与HCC患者肿瘤分级的关系（UALCAN ） PS:除此之外我们还可以研究mRNA表达是否受吸烟、年龄、性别等因素的影响。 接着作者通过Kaplan-Meier网站（http:///analysis/）分析了不同CBXs家族成员mRNA表达在肝癌患者中的预后。  Figure5：不同CBXs家族成员mRNA表达在肝癌患者中的预后作用（Kaplan-Meier绘图仪）。 然后作者从Firebrowse网站（http:///api-docs/）下载了377例HCC患者的临床信息和371例HCC患者CBX的mRNA表达情况。通过SPSS软件进行COX生存回归分析。结果表明CBX1 / 2/3/6/8的转录表达是肝癌患者OS的独立预后因素。  Figure6：364例HCC标本总生存率的单变量分析 接着作者用cBioPortal（www.cbioportal.org）分析了8个CBX家族成员的基因组谱，其中包含突变和mRNA表达等。  Figure7：CBX中的基因突变及其与HCC患者的OS和DFS的关联（cBioPortal） 作者分析了CBX的基因突变及其在HCC患者中的预后作用后，进一步分析了50个与CBXs突变显着相关的邻居基因，并通过cBioPortal（www.cbioportal.org）构建了一个整合网络。并通过DAVID（https://david./summary.jsp）中，GO和KEGG分析了CBX及50个的相关基因的功能。  Figure8：预测CBX中突变的功能和途径及其在HCC患者中的50个的邻居基因（c-BioPortal和DAVID）。 本文的思路比较清晰，全程零代码，基本上都用在线工具进行分析。虽然是个水刊，但也是个铁打打的5分SCI啊，估计整篇文章分析不到一天的时间就能全部解决！！！完全可以照着文章套路写一篇xxx基因家族或者蛋白家族对于xxx肿瘤的预后作用。 在线工具，在线网站那么多，还可以换成以下其他工具进行分析：  「医学方」现正式向粉丝们公开征稿！内容须原创首发，与科研相关，一经采用，会奉上丰厚稿酬（300-2000元），详情请戳。 “医学方”始终致力于服务“医学人”，将最前沿、最有价值的临床、科研原创文章推送给各位临床医师、科研人员。 医学方已推出“实验室那些事儿”“SCI写作技巧”“文献精读与解析”“医学英语轻松学”“国自然基金申请”“临床数据挖掘”、“基因数据挖掘”、“R语言教程”、“医学统计学”、“微创动物实验培训”等多个专题课程，如需了解课程详细推文，可关注“医学方”公众号，点击“精品专题”进入 |
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