分享

零代码发5分SCI生信文章套路!

 生物_医药_科研 2019-08-05

摘要

Chromobox (CBX) 蛋白是已知在肝细胞癌 (HCC) 中发挥关键作用的表观遗传调控复合物的重要组成部分。很少有人知道不同的 CBXs 在 HCC 中的功能。为了解决这个问题,这项研究使用ONCOMINE,UALCAN,Human Protein Atlas,Kaplan-Meier Plotter,c-BioPortal 数据库研究了 CBXs 在 HCC 预后中的作用。发现 8 个CBXs 成员的过度表达与 HCC 患者的临床癌症分期和病理肿瘤分级显著相关。此外,发现 CBX1/2/3/6/8 的 mRNA 高表达与 HCC 患者的总生存期(OS)缩短显著相关,而 CBX7 的 mRNA 高表达与良好的 OS 相关。多因素分析也显示 CBX1/2/3/6/8 的高mRNA表达是 HCC 患者OS较短的独立预后因素。而且,在HCC中也观察到CBXs的高突变率 (51%)肝细胞癌(HCC)占原发性肝癌的 90%,是全球癌症相关死亡排名第二的第五大癌症。多年来发病率迅速上升,死亡率不利。

研究结果

图1

图1:CBXs 在 20 种不同类型癌症疾病中的转录表达(ONCOMINE 数据库)。用 t 检验比较转录水平的差异。p 值和倍数变化的截断值如下:p 值:0.01,倍数变化:1.5,基因等级:10%,数据类型:mRNA。


图2

图2:HCC 组织和正常肝组织中不同 CBXs 家族成员的代表性免疫组织化学图像(人类蛋白质图谱)。CBX2/5/7/8 蛋白在正常肝组织中不表达,而在肝癌组织 (B、E、G-H) 中可见其低、中表达。CBX1/3/4 在正常肝组织中呈低蛋白表达,而在肝癌组织 (A、C-D) 中呈中、高蛋白表达。在正常肝组织和 HCC 组织中均观察到 CBX6 的低蛋白表达 (F)。

图3

图3:不同 CBXs 家族成员的 mRNA 表达与 HCC 患者个体癌症分期的关系。8个CBXs 家族成员的 mRNA 表达与患者个体癌症分期显著相关,晚期患者倾向于表达更高的CBXs mRNA 表达。CBX4/8 的mRNA 表达最高见于第 4 阶段 (D,H),而 CBX1/2/3/5/6/7 的 mRNA 表达最高见于第 3 阶段 (A-C,E-G) .*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。

图4

图4:HCC 患者中 CBXs 突变及其 50 个频繁改变的邻近基因(c-BioPortal 和 DAVID)的预测功能和通路。构建了CBXs 突变及其 50 个频繁改变的邻近基因的网络。DNA修复和 DNA 复制相关基因包括 HIST1H3A、HIST1H2AB、H3F3A、HIST2H2AA3、HIST2H3C 和 HIST3H2BB 与 CBXs 突变显著相关 (A)。GO功能富集分析预测了 CBXs 突变的 3 个主要功能及其 50 个频繁改变的邻近基因,包括生物学过程、细胞组分和分子功能 (B-D)。KEGG 通路分析 CBXs 及其 50 个最频繁改变的邻近基因见图 E。

总结

研究表明,HCC患者的生存期不能超过 5 年 。肝癌的发生、发展和转移机制的研究已经取得了进展,但迄今为止,肝癌的分子特征仍不清楚。通过了解 HCC 的潜在发病机制和病因学,将有助于发现先进的治疗和诊断生物标志物。

DOI:10.18632/aging.101658

参考文献

[1].Müller J, Verrijzer P. Biochemical mechanisms of gene regulation by polycomb group protein complexes. Curr Opin Genet Dev. 2009; 19:150–58.  

[2].Wang W, Qin JJ, Voruganti S, Nag S, Zhou J, Zhang R, and Polycomb Group. (PcG) proteins and human cancers: multifaceted functions and therapeutic implications. Med Res Rev. 2015; 35:1220–67.  

[3].Klauke K, Radulović V, Broekhuis M, Weersing E, Zwart E, Olthof S, Ritsema M, Bruggeman S, Wu X, Helin K, Bystrykh L, de Haan G. Polycomb Cbx family members mediate the balance between haematopoietic stem cell self-renewal and differentiation. Nat Cell Biol. 2013; 15:353– 62. 

[4].Ma RG, Zhang Y, Sun TT, Cheng B. Epigenetic regulation by polycomb group complexes: focus on roles of CBX proteins. J Zhejiang Univ Sci B. 2014; 15:412–28. 

END

为帮助科研人员快速找到所需文献,节省科研时间,提高科研效率,我们上线了医学小助手,扫描二维码添加即可一对一解答问题,全部免费哦!

    本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。
    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多